针对公司撤销部分员工回总公司，孕妇应如何处理的问题，我的结论是：公司不能因撤销部分员工回总公司而单方面解除与孕妇的劳动合同，应保障孕妇的合法权益，具体处理方式需根据实际情况和法律法规进行。以下从多个角度进行分析：
一、法律法规层面
《劳动合同法》的相关规定：
- 根据《劳动合同法》第四十二条，女职工在孕期、产期、哺乳期的，用人单位不得依照本法第四十条、第四十一条的规定解除劳动合同。这意味着，除非孕妇存在严重违反公司规章制度、严重失职等法定解除情形，否则公司不能因撤销部分员工回总公司而单方面解除与孕妇的劳动合同。
- 若公司违反此规定，孕妇有权要求公司继续履行劳动合同，或者要求公司支付赔偿金。赔偿金的标准通常为经济补偿金的两倍，经济补偿金则根据孕妇在公司的工作年限和工资水平来确定。
《妇女权益保障法》的相关规定：
- 《妇女权益保障法》也明确规定了女职工在孕期、产期、哺乳期享有特殊的劳动保护，用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳而降低其工资、予以辞退、与其解除劳动或者聘用合同。
二、实际操作层面
与孕妇协商：
- 公司应首先与孕妇进行协商，了解其意愿和需求。如果孕妇愿意跟随公司回总公司工作，公司应为其提供必要的便利和支持，如安排合适的住宿、交通等。
- 如果孕妇因个人原因（如家庭、健康等）不愿意跟随公司回总公司工作，公司应尊重其选择，并与其协商其他解决方案，如调整工作岗位、安排在家办公等。
提供必要的劳动保护：
- 无论孕妇是否跟随公司回总公司工作，公司都应为其提供必要的劳动保护，如合理安排工作时间、避免安排重体力劳动、提供必要的劳动防护用品等。
- 如果孕妇因工作原因需要请假或调整工作时间，公司应给予理解和支持，并按照相关规定支付工资和福利待遇。
三、可能面临的法律后果
若公司单方面解除劳动合同：
- 如前所述，公司若违反法律法规单方面解除与孕妇的劳动合同，将面临支付赔偿金的风险。
- 此外，公司还可能因违反劳动法律法规而受到劳动行政部门的处罚，如罚款、责令改正等。
若公司未提供必要的劳动保护：
- 如果公司未按照法律法规为孕妇提供必要的劳动保护，导致孕妇受到伤害或发生意外，公司将承担相应的法律责任，包括赔偿孕妇的医疗费用、误工费等损失。
建议：公司应严格遵守相关法律法规，尊重和保护孕妇的合法权益。在撤销部分员工回总公司的过程中，应与孕妇进行充分沟通，了解其意愿和需求，并为其提供必要的便利和支持。如果孕妇因个人原因不愿意跟随公司回总公司工作，公司应与其协商其他解决方案，并确保其合法权益不受侵害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。