劳动合同中约定包含加班费，并不能直接认定为劳动者正常工作的工资。这一问题的答案需要结合具体情况及法律法规进行综合分析，以下从不同角度进行详细阐述：
一、不合法或不合理的情况
违反法律强制性规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，用人单位安排劳动者延长工作时间、休息日或法定休假日工作的，应当支付高于正常工作时间工资的工资报酬，即加班费。这是法律的强制性要求，旨在保护劳动者的合法权益。
- 若劳动合同中的约定导致用人单位在正常工资中变相压低基本工资，或在加班时以“已包含加班费”为由拒绝按法定标准支付，则违反了法律的强制性规定，此种约定不合法。
未明确加班工资数额和计算方式：
- 如果劳动合同中虽然约定了工资包含加班费，但未具体说明加班工资的计算基数、计算方式及支付标准，或者约定的加班工资低于法定标准，这种约定可能被视为无效。因为劳动者有权了解自己的加班工资是如何计算的，以及是否得到了合理的支付。
折算后正常工作时间工资低于最低工资标准：
- 即使劳动合同中约定了工资包含加班费，但如果折算后的正常工作时间工资低于当地最低工资标准，这种约定也是不合法的。因为最低工资标准是劳动者在正常工作时间内提供劳动后应得的最低报酬，任何低于这一标准的约定都是无效的。
二、合法或合理的情况
依法足额支付且不低于法定标准：
- 在某些特殊情况下，如用人单位能证明在劳动合同约定工资包含加班费的情况下，实际支付给劳动者的工资总额中已按法定加班工资计算标准足额支付了加班费用，且劳动者的实际收入未因这种约定而减少，同时折算后的正常工作时间工资不低于当地最低工资标准，那么这种约定在司法实践中可能会被认定为有效。但这种情况较为特殊，且需要用人单位提供充分的证据来证明。
明确约定且符合法规的特殊行业或岗位：
- 在特殊行业或岗位中，如工作时间难以常规区分，用人单位可与劳动者协商采用包含加班费的工资约定方式。但这种约定必须确保劳动者的加班权益得到充分保障，且劳动合同中应明确约定加班工资的具体数额、计算方式以及支付标准。同时，这种约定还应符合相关法律法规的要求，如不得违反最低工资标准等。
三、法律建议
- 对于劳动者：在与用人单位签订劳动合同时，应仔细审查合同条款，特别是关于工资和加班费的约定。如果合同中存在关于工资包含加班费的约定，应要求用人单位提供充分的证据来证明其合法性，并确保折算后的正常工作时间工资不低于当地最低工资标准。在发生争议时，可以依法维护自己的权益，要求用人单位按照法律规定支付加班费。
- 对于用人单位：在制定劳动合同时，应确保合同条款的合法性和合理性。如果希望采用包含加班费的工资约定方式，应明确约定加班工资的具体数额、计算方式以及支付标准，并确保这些约定完全符合法律法规的要求。同时，用人单位还应加强内部管理，确保劳动者的加班权益得到充分保障。
综上所述，劳动合同中约定包含加班费并不能直接认定为劳动者正常工作的工资。这一问题的答案取决于多种因素，包括合同的具体约定、法律法规的要求以及劳动者的实际权益等。因此，在签订劳动合同时，双方应充分沟通并明确约定相关条款，以避免后续纠纷的发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。