结论：签了合作协议但实际发生了劳动关系，若被拖欠工资，是可以进行投诉的。以下从多个角度为你详细分析：

法律关系认定角度

1. 合作协议与劳动关系的区分：合作协议通常基于平等主体之间的民事合作关系，双方按照协议约定分享收益、共担风险，不存在管理与被管理的关系。而劳动关系中，劳动者接受用人单位的管理，从事用人单位安排的工作，由用人单位支付劳动报酬。如果在实际履行过程中，虽然签订的是合作协议，但一方实际接受另一方的管理，按照其安排从事工作，那么双方之间可能构成事实上的劳动关系。
2. 事实劳动关系的认定依据：根据相关法律规定，用人单位招用劳动者未订立书面劳动合同，但同时具备下列情形的，劳动关系成立：（一）用人单位和劳动者符合法律、法规规定的主体资格；（二）用人单位依法制定的各项劳动规章制度适用于劳动者，劳动者受用人单位的劳动管理，从事用人单位安排的有报酬的劳动；（三）劳动者提供的劳动是用人单位业务的组成部分。在你的情况中，如果符合这些条件，即便签订的是合作协议，也会被认定为存在劳动关系。

投诉途径及法律依据角度

1. 投诉途径：一旦被认定为存在劳动关系且被拖欠工资，你可以向劳动监察部门进行投诉。劳动监察部门是负责监督用人单位遵守劳动法律法规的行政机关，有权对用人单位的违法行为进行查处。
2. 法律依据：根据《劳动保障监察条例》第十一条，劳动保障行政部门对下列事项实施劳动保障监察：……（六）用人单位支付劳动者工资和执行最低工资标准的情况；……。因此，劳动监察部门有权对用人单位拖欠工资的行为进行调查和处理。

后续维权建议角度

1. 收集证据：在进行投诉之前，建议你收集能够证明你与用人单位之间存在劳动关系以及用人单位拖欠工资的证据，如工作证、工作服、工资条、考勤记录、与用人单位沟通的聊天记录等。这些证据将有助于劳动监察部门认定事实，并为你后续的维权提供有力支持。
2. 投诉流程：你可以携带相关证据材料，前往用人单位所在地的劳动监察部门进行投诉。在投诉时，你需要填写投诉登记表，详细陈述你的诉求和事实依据。劳动监察部门在收到投诉后，会进行调查核实，并根据调查结果依法作出处理决定。
3. 其他维权方式：如果劳动监察部门的处理结果未能满足你的诉求，你还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼。这些途径都是法律赋予劳动者的维权方式，你可以根据自己的实际情况选择适合的方式。

总结：签了合作协议但实际发生了劳动关系并被拖欠工资时，你是有权进行投诉的。建议你及时收集证据，通过合法途径维护自己的权益。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。