结论概述：劳动合同中约定含加班费的工资条款被认定无效后，处理方式并非简单地将全部金额视为工资或直接补发加班费差额，而是需根据具体情况，结合法律规定和实际履行情况来确定。

详细分析：

1. 合同条款无效的法律后果：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，如果劳动合同中的条款违反法律、行政法规的强制性规定，或者存在欺诈、胁迫、乘人之危等情形，导致条款无效，那么该条款自始不具有法律效力。
   • 在本案例中，若劳动合同中约定的“含加班费的工资”条款因违反法律规定（如加班费计算标准低于法定标准）而被认定无效，则该条款不能作为计算工资和加班费的依据。

2. 工资与加班费的重新计算：

   • 工资部分：首先，需要确定劳动者在无效条款下的实际工资水平（即不含加班费的基础工资）。这通常可以通过参考劳动合同中的其他有效条款、工资条、银行转账记录等证据来确定。
   • 加班费部分：接着，根据《劳动法》和《劳动合同法》中关于加班费的规定，重新计算劳动者应得的加班费。加班费应按照劳动者正常工作时间工资的一定比例（如工作日加班为150%，休息日加班为200%，法定节假日加班为300%）来计算。
   • 综合处理：在确定了实际工资和应得加班费后，将两者相加，得出劳动者应得的总报酬。如果劳动者之前已经领取了部分或全部报酬（包括按无效条款计算的报酬），则需要根据实际情况进行补发或扣减。

3. 具体处理方式：

   • 如果劳动者之前领取的报酬低于应得总报酬：则用人单位需要补发差额部分，即补发按无效条款少发的加班费。
   • 如果劳动者之前领取的报酬高于应得总报酬（这种情况较为少见，但理论上可能存在，如用人单位错误地多发了报酬）：则用人单位有权要求劳动者返还多发的部分，但这一要求需符合法律规定，且不得损害劳动者的合法权益。
   • 如果劳动者之前领取的报酬与应得总报酬相等：则无需进行补发或扣减。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 在处理此类纠纷时，用人单位和劳动者应首先尝试通过协商来解决争议。如果协商不成，可以向劳动争议调解委员会申请调解，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
   • 在仲裁或诉讼过程中，双方应提供充分的证据来支持自己的主张。对于劳动者来说，工资条、银行转账记录、加班记录等都是重要的证据；对于用人单位来说，劳动合同、考勤记录、工资支付记录等则是关键证据。

建议与提醒：

• 作为劳动者，在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资和加班费的约定，确保自己的合法权益不受侵害。
• 如果发现劳动合同中的条款存在违法或不合理之处，应及时与用人单位沟通协商，要求修改或补充相关条款。
• 在遇到劳动争议时，应积极寻求法律援助或咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。

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