已实施完毕的政府采购项目未按照约定收取履约保证金，需根据具体情况判断是否处罚及处罚方式，主要涉及对采购人或采购代理机构的责任认定与处理。具体分析如下：

1. 若合同明确约定收取履约保证金但未收取，且该约定不违反法律法规强制性规定
   根据《中华人民共和国政府采购法实施条例》第四十八条，采购文件要求中标或者成交供应商提交履约保证金的，供应商应当以支票、汇票、本票或者金融机构、担保机构出具的保函等非现金形式提交。若采购人或采购代理机构未按约定收取，可能构成程序违规。

   • 处罚依据：根据《中华人民共和国政府采购法》第七十一条，采购人、采购代理机构有下列情形之一的，责令限期改正，给予警告，可以并处罚款，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，由其行政主管部门或者有关机关给予处分，并予通报：（三）未按照规定在评标委员会、竞争性谈判小组或者询价小组推荐的中标或者成交候选人中确定中标或者成交供应商的；（四）未按照采购文件确定的事项签订政府采购合同的；（五）政府采购合同履行中追加与合同标的相同的货物、工程或者服务的采购金额超过原合同采购金额10%的；（六）擅自变更、中止或者终止政府采购合同的；（七）未按照规定公告政府采购合同的。虽未直接提及履约保证金，但未按约定收取可能属于“未按照采购文件确定的事项签订或履行合同”的衍生情形。
     
   • 处理方式：财政部门可责令限期改正，给予警告；若因未收取导致国家利益受损（如供应商违约后无法追偿），可能进一步追究相关人员责任。

2. 若合同未明确约定收取履约保证金，或约定违反法律法规（如要求现金形式）

   • 无约定或约定违法时：根据《政府采购法实施条例》第三十三条，招标文件要求投标人提交投标保证金的，投标保证金不得超过采购项目预算金额的2%，但未强制要求收取履约保证金。若合同未约定，采购人未收取不构成违规；若约定违法（如要求现金），则约定本身无效，采购人无需因此受罚。
     
   • 例外情形：若项目属于《政府采购法》第四十九条规定的“追加采购”或需签订补充合同，且补充合同涉及履约保证金条款，需重新审查约定合法性。

3. 供应商已实际履行合同且无违约行为
   即使未收取履约保证金，若供应商已按合同约定完成供货、工程或服务，且无质量、期限等违约情形，未收取保证金未实际损害国家利益或公共利益，财政部门可能以“情节轻微”为由不予处罚，但会要求采购人完善内部流程。

建议行动：

• 采购人或代理机构应立即自查合同条款及履行情况，若存在违规未收取且合同有明确约定，需主动向财政部门报告并补正程序（如补充签订协议或追偿）；
  
• 若供应商已违约，采购人可依据《民法典》第五百七十七条要求其承担违约责任，但需注意未收取保证金可能影响追偿效率；
  
• 财政部门在监督检查中发现此类问题，将结合违规情节、后果严重性决定是否处罚及处罚幅度。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询政府采购合规、合同审查或争议解决相关问题。