公司制定健康制度扣员工工资是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从合法与非法两种情形进行详细分析：
合法扣工资的情形
规章制度合法且经过民主程序制定
- 若公司的健康制度是通过民主程序制定的，例如经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定，同时这些制度已向员工进行公示或告知，且内容不违反法律法规的强制性规定，那么公司依据这些规章制度扣减员工工资是合法的。例如，健康制度中规定员工需定期进行体检，若员工无故拒绝体检，公司可根据制度规定扣除相应工资作为处罚，但前提是该制度需符合上述合法性要求。
代扣代缴费用
- 根据法律规定，公司有权代扣员工的个人所得税、社会保险费用（个人负担部分）等。若健康制度中涉及这些费用的代扣代缴，且符合法律规定，那么这种扣减行为是合法的。不过，健康制度本身通常不直接涉及此类费用的代扣，但若制度中有相关条款且符合法律，则可视为合法。
赔偿经济损失
- 如果员工因个人原因（如违反健康制度导致公司遭受损失）给公司造成经济损失，公司可以按照劳动合同的约定要求其赔偿。但扣除的工资部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。例如，员工因违反健康制度中的卫生规定，导致公司遭受卫生罚款，公司可根据制度规定要求员工赔偿部分损失，但需遵守上述限额规定。
特定情形下的绩效扣减
- 若健康制度与员工的绩效考核挂钩，且绩效考核制度公平、公正、明确，当员工的绩效因违反健康制度而受到影响时，公司可以合法扣减其绩效工资。例如，健康制度中规定员工需保持一定的健康指标，若员工未达标导致绩效扣减，且该制度符合绩效考核的合法性要求，则这种扣减是合法的。
非法扣工资的情形
规章制度未经法定程序制定
- 如果公司的健康制度没有经过民主程序制定，也没有向员工公示或告知，那么该制度对员工不具有约束力。公司依据这样的制度扣减员工工资是不合法的。例如，公司突然出台一项健康制度，要求员工必须购买特定保健品，否则扣除工资，但该制度未经民主程序制定且未公示，员工有权拒绝并要求公司返还被扣工资。
扣工资损害员工基本权益
- 公司随意克扣工资，导致员工工资低于当地最低工资标准，或者扣除工资的行为严重影响员工基本生活，均属于非法行为。例如，公司以健康制度为由，每月扣除员工大量工资用于所谓的“健康基金”，导致员工工资低于最低工资标准，这种行为是违法的。
缺乏合理依据的扣工资
- 公司没有合理、明确的理由，仅凭主观判断就扣减员工工资，也是不合法的。例如，公司认为某员工看起来不健康，就擅自扣除其工资，这种行为侵犯了员工的劳动报酬权。
法律依据
- 《中华人民共和国劳动法》第二十五条、第九十一条明确规定了劳动者工资的保护和用人单位不得无故克扣劳动者工资的原则。
- 《工资支付暂行规定》第十六条进一步细化了用人单位可以代扣劳动者工资的情形以及扣减的限额，即因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
员工维权途径
如果员工认为公司扣减工资的行为不合法，可以采取以下措施来维护自己的权益：
- 与公司沟通协商：首先尝试与公司进行沟通，要求公司说明扣减工资的依据并提供相应证据。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，由其对公司的扣减行为进行调查和处理。
- 申请劳动仲裁：如果投诉仍未解决问题，员工可以依法向劳动仲裁机构申请仲裁，以维护自己的合法权益。
综上所述，公司制定健康制度扣员工工资是否合法需综合考虑多个因素。在任何情况下，公司都应遵守相关法律法规，确保员工的合法权益得到保障。而员工在遭遇不合法扣减时，也应积极采取措施维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。