企业没有制度规定病假扣工资，但实际扣除了，这种行为是不合法的。以下从多个角度为你详细分析：

法律明确规定病假工资支付义务

1. 《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，无论企业是否有明确的病假工资制度，在员工病假期间，企业都需按时支付工资，不得随意扣除。

2. 《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第五十九条：职工患病或非因工负伤治疗期间，企业应按有关规定支付其病假工资或疾病救济费，且该工资或救济费不能低于当地最低工资标准的80%。这一规定进一步明确了企业在员工病假期间的工资支付义务，并设定了最低支付标准。

企业制度与法律规定的冲突处理

1. 企业制度不得违反法律规定：即使企业没有明确的病假工资制度，或者制度中未规定病假工资的支付方式，但企业实际扣除了员工病假期间的工资，这种行为仍然违反了上述法律规定。企业制度不能成为违反法律规定的借口或理由。

2. 特殊情况下的约定处理：如果企业与员工在劳动合同或集体合同中就病假工资有特别约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么可以按照约定执行。但这种情况并不改变企业必须支付病假工资的基本义务，只是支付的具体数额或方式可能有所不同。然而，若企业未与员工进行此类约定，则必须按照法律规定支付病假工资。

员工权益维护途径

1. 与企业协商：如果发现企业扣除了病假期间的工资，员工首先可以尝试与企业的人力资源部门或财务部门沟通，了解原因并要求支付。在协商过程中，员工可以引用上述法律规定，强调企业的支付义务。

2. 保留证据：在协商过程中，员工应妥善保存所有相关证据，包括工时记录、工资单、劳动合同、病假证明等。这些证据将有助于员工在后续维权过程中证明自己的权益受到侵害。

3. 寻求法律援助或投诉：若企业拒绝支付病假工资，员工可以咨询律师或相关机构，了解自己的法律权利和维权途径。同时，员工也可以向当地劳动监察部门投诉，要求企业支付病假工资及可能的赔偿金。

4. 提起诉讼：在协商和投诉无果后，员工还可以向法院提起诉讼，要求企业支付病假工资及赔偿金。法院将根据法律规定和双方提供的证据进行裁决。

总结来说，企业没有制度规定病假扣工资，但实际扣除了，这种行为是不合法的。员工在病假期间有权获得相应工资待遇，企业应依法支付病假工资或疾病救济费。如遇企业拒付情况，员工应通过合法途径积极维护自己的合法权益。如果你还有其他关于劳动工伤（工资福利）方面的问题，可以直接向我咨询。