在编教师患双相情感障碍病休期间，绩效工资是否会被扣除需分情况讨论，具体取决于地方政策、单位规章制度及劳动合同约定。以下从不同角度展开分析：

1. 地方政策层面
   根据《教师法》及《事业单位人事管理条例》，教师病休期间工资待遇需遵循地方性规定。例如，部分省份明确规定：病假在2个月以内的，发给原工资；超过2个月的，从第3个月起按基本工资的特定比例发放，绩效工资可能根据实际工作情况调整或暂停发放。若地方政策未明确绩效工资处理方式，则需结合单位制度判断。

2. 单位规章制度层面
   学校作为事业单位，其绩效工资分配方案通常需经教职工代表大会审议通过。若单位规章制度中明确规定：病休期间不参与绩效考核或按特定比例扣减绩效工资，则单位行为可能具有合法性；但若制度未涉及此类情形，或扣减标准缺乏合理性，教师可主张权益。

3. 劳动合同与集体合同层面
   若教师与学校签订的劳动合同或集体合同中约定了病休期间工资待遇（包括绩效工资），则双方需按合同履行。合同约定优先于单位内部制度，若合同未明确，则需参考地方政策及单位惯例。

4. 特殊保护情形
   根据《精神卫生法》，用人单位不得因员工患精神障碍疾病而歧视或单方解除劳动合同。若病休系因双相情感障碍治疗需要，且教师已履行请假手续，单位无正当理由扣减绩效工资可能涉嫌违法，教师可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

建议行动：

• 查阅所在省份《事业单位工作人员病假期间工资待遇办法》及学校绩效工资分配方案；
  
• 核对劳动合同中关于病休工资的约定；
  
• 若认为权益受损，可先与学校协商，协商不成可向当地教育局或劳动仲裁机构申请维权。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程及证据收集要点。