核心结论：有双向情感障碍的人休息在家，单位是否能扣工资，需根据具体情况判断，主要包括是否属于法定医疗期、是否提供了医疗证明以及单位规章制度是否合法等几个方面。
详细分析：
法定医疗期内的工资支付：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期。
- 在医疗期内，员工有权享受病假工资或疾病救济费，且不得低于当地最低工资标准的80%。因此，如果双向情感障碍患者的休息期在法定医疗期内，且提供了相应的医疗证明，单位不应扣发工资。
超出医疗期或未提供医疗证明的情况：
- 如果员工的休息期超出了法定医疗期，或者未能提供医疗证明以证明其需要休息，单位可能根据内部规章制度或劳动合同中的约定，对员工的工资进行相应调整。
- 但需要注意的是，单位的规章制度必须合法且合理，不能违反法律法规的强制性规定。例如，单位不能仅因员工患病就单方面降低其工资，除非该员工确实无法从事原工作，且经过劳动能力鉴定后确认需要调整工作岗位或降低工资。
单位规章制度的合法性：
- 单位的规章制度是管理员工的重要依据，但必须符合法律法规的规定。如果单位的规章制度中关于病假工资的规定与法律法规相冲突，那么该规定将被视为无效。
- 因此，在判断单位是否能扣工资时，还需要审查单位的规章制度是否合法。如果规章制度不合法，员工有权要求单位按照法律法规的规定支付工资。
法律建议：
- 对于双向情感障碍患者来说，如果因病情需要休息，应及时向单位提供医疗证明，并了解自己的医疗期期限和病假工资待遇。
- 如果单位扣发了工资，且患者认为单位的做法不合法，可以与单位进行协商，要求单位按照法律法规的规定支付工资。
- 如果协商无果，患者可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果单位违法扣发了工资，除了需要补发工资外，还可能面临劳动监察部门的处罚或劳动仲裁机构的裁决，要求单位支付赔偿金等。
- 对于患者来说，如果因单位扣发工资而影响了生活或治疗，也可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。
总之，有双向情感障碍的人休息在家时，单位是否能扣工资需根据具体情况判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。