店长拿整个店提成是否要减去个人业绩，需视具体情况而定，以下分情况详细说明：

1. 若劳动合同或公司规章制度有明确规定
   如果劳动合同、员工手册或公司提成制度中明确约定“店长提成以全店业绩为基数，且需扣除个人直接业绩后计算”，则应当按照约定执行。例如：制度规定“店长提成=全店总业绩×1% - 店长个人业绩×2%”，此时需扣除个人业绩。
   法律依据：根据《劳动合同法》第三条，劳动者与用人单位的权利义务以书面约定为准，制度合法且公示的前提下，双方应遵守。

2. 若合同或制度未明确约定，但存在行业惯例或双方默认规则
   若公司无书面规定，但长期按“扣除个人业绩”方式发放提成，且店长未提出异议，可能被认定为双方默认的交易习惯。此时店长主张不扣除个人业绩，需承担举证责任（如证明其他店长未扣除、公司曾承诺不扣除等）。
   风险提示：口头约定或惯例的证明难度较高，建议店长要求公司补充书面制度。

3. 若提成基数为“全店净利润”而非“全店业绩”
   若提成计算基数是全店利润（收入-成本-费用），则店长个人业绩对应的成本（如工资、提成、耗材等）可能已在利润核算中扣除，此时无需再单独扣除个人业绩。例如：全店利润=总业绩-总成本，店长提成=利润×5%，则个人业绩已间接影响利润，无需重复扣除。
   关键点：需审查提成制度中“基数”的定义，避免重复扣减。

4. 若店长同时承担销售职责且无特殊约定
   若店长既负责管理又直接参与销售，但制度未区分管理提成与销售提成，通常默认店长提成包含两部分：

   • 管理提成：基于全店业绩的团队奖励；
     
   • 销售提成：基于个人业绩的直接奖励。
     此时若制度未明确“管理提成需扣除个人业绩”，则店长有权同时获得两部分提成，无需扣除。
     建议：公司应明确区分提成类型（如“管理提成=全店业绩×0.5%”“销售提成=个人业绩×1%”），避免争议。

总结建议：

• 店长：若认为提成计算方式不合理，可要求公司出示书面制度，或通过协商、劳动仲裁主张权益；
  
• 公司：应制定透明、明确的提成制度，并确保员工签字确认，避免因规则模糊引发纠纷。
  

如有进一步细节（如制度条款、行业特性等），可向我补充说明，我会为您具体分析。