结论前置：业绩目标未达成时，用人单位一般不可以扣底薪，只能扣提成，但具体还需结合劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规综合判断。以下从不同角度进行分析：

从劳动合同和公司规章制度的角度

1. 劳动合同约定优先：如果劳动合同中明确约定了业绩目标与工资（包括底薪和提成）的挂钩方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位和劳动者都应当按照合同约定履行。例如，合同中约定“若劳动者未完成业绩目标，仅扣除提成部分，底薪不受影响”，那么用人单位就不能扣除底薪。但如果合同约定“未完成业绩目标，可扣除一定比例的底薪和提成”，在合法的前提下，用人单位可能可以按照约定扣除。不过，这种扣除底薪的约定往往存在较大法律风险，因为底薪是劳动者提供正常劳动后应得的基本报酬。
2. 公司规章制度需合法合理：公司规章制度也是用人单位管理劳动者的重要依据。但如果规章制度中关于扣除底薪的规定与法律法规相抵触，或者没有经过民主程序制定、未向劳动者公示等，那么该规定对劳动者不产生法律效力。比如，公司规章制度未经职工代表大会或者全体职工讨论，直接规定未完成业绩目标就扣除底薪，这种规定很可能是无效的。

从法律法规的角度

1. 底薪的性质：底薪通常是劳动者在法定工作时间内提供了正常劳动后，用人单位应当支付的最低工资报酬。根据《最低工资规定》，在劳动者提供正常劳动的情况下，用人单位应支付给劳动者的工资在剔除下列各项以后，不得低于当地最低工资标准：（一）延长工作时间工资；（二）中班、夜班、高温、低温、井下、有毒有害等特殊工作环境、条件下的津贴；（三）法律、法规和国家规定的劳动者福利待遇等。这意味着底薪是劳动者应得的基本保障，用人单位不能随意扣除。
2. 提成与业绩目标的关联：提成一般是根据劳动者的工作业绩、销售成果等按照一定比例计算的额外报酬。它与业绩目标直接相关，如果劳动者未达到业绩目标，用人单位扣除提成相对较为常见，但也需要符合合同约定和法律规定。例如，提成计算方式要明确合理，不能存在欺诈、胁迫等情形。

可能的法律后果

如果用人单位违反规定扣除劳动者底薪，劳动者可以采取以下措施维护自己的合法权益：

1. 与用人单位协商：劳动者可以首先与用人单位进行沟通，说明扣除底薪的不合理性，要求用人单位补发被扣除的底薪。
2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，劳动监察部门会依法对用人单位进行检查，并责令用人单位改正违法行为，补发劳动者被扣除的工资。
3. 申请劳动仲裁：劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付被扣除的底薪及可能的经济补偿等。

建议：为了避免类似的纠纷，用人单位在制定劳动合同和规章制度时，应当确保内容合法合理，并充分与劳动者沟通协商；劳动者在签订劳动合同时，也要仔细阅读合同条款，了解自己的权利和义务。如果你遇到了业绩目标未达成被扣底薪的情况，可以直接向我咨询，我会为你提供更具体的法律建议。