店长克扣员工提成是违法的。以下从法律背景、法律建议及可能的法律后果三个角度进行详细分析：
法律背景
《中华人民共和国劳动法》第五十条：
- 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。提成作为员工劳动报酬的一部分，同样受到法律保护，任何形式的克扣均属违法行为。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：
- 用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。若用人单位违反约定克扣提成，员工不仅有权要求支付提成，还能主张相应赔偿。
《工资支付暂行规定》第十五条：
- 用人单位不得克扣劳动者工资，仅在特定情况下（如代扣代缴个人所得税、社会保险费用等）可以代扣工资。克扣提成显然不属于这些法定允许的范围之内。
法律建议
积极沟通：
- 员工在发现提成被克扣时，应首先尝试与店长及人力资源部门进行友好沟通，了解克扣原因，并表达自身的合理诉求。
收集证据：
- 无论采取何种维权方式，员工都应提前准备好充分的证据材料，包括但不限于劳动合同、工资单、提成计算明细、业绩证明等，以证明自己的主张。
正式投诉与仲裁：
- 若内部协商无法解决问题，员工应及时向当地劳动监察部门投诉，提交相关证据。劳动监察部门将依法进行调查，并有权责令用人单位改正违法行为，支付克扣的款项。
- 员工还有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，甚至向人民法院提起诉讼，以进一步维护自己的合法权益。
寻求法律帮助：
- 在整个维权过程中，员工可以考虑寻求专业律师的帮助，以获得更具体的法律建议和代理服务。
可能的法律后果
责令支付工资报酬及经济补偿：
- 根据《劳动保障监察条例》第二十六条，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资报酬的，由劳动保障行政部门责令限期支付劳动者的工资报酬，并可能要求支付经济补偿。
加付赔偿金：
- 若用人单位逾期不支付工资报酬及经济补偿，劳动保障行政部门将责令用人单位按照应付金额50％以上1倍以下的标准计算，向劳动者加付赔偿金。
声誉损失及法律纠纷：
- 克扣员工提成不仅可能引发法律纠纷，还可能对用人单位的声誉造成负面影响，进而影响其业务发展和员工招聘。
总结来看，店长克扣员工提成的行为明确违反了《中华人民共和国劳动法》及相关规定。员工应依法采取积极措施，通过协商、投诉、仲裁等途径维护自身权益。若您遇到此类问题，可直接向我咨询，我将为您提供专业的法律帮助。