店长吃员工回扣这一行为，在大多数情况下是违法的，但具体还需根据回扣的性质和具体情况来判断。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：

1. 回扣的性质与法律定性

   • 违法回扣：如果店长利用职务之便，从供应商或其他业务伙伴处收取回扣，并将这部分利益非法占为己有，没有将其纳入公司收入或用于公司利益，那么这种行为很可能构成职务侵占或受贿等违法行为。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，职务侵占罪和受贿罪都是严重的犯罪行为，会受到法律的严厉制裁。
   • 合法返利或折扣：然而，如果店长收取的并非回扣，而是供应商给予的合法返利或折扣，并且这部分利益被合理纳入公司财务，用于公司运营或员工福利等正当用途，那么这种行为可能是合法的。但即便如此，店长也需要确保这一过程的透明度和合规性，避免引发不必要的法律纠纷。

2. 对员工工资福利的影响

   • 直接扣减工资：如果店长通过吃回扣的方式，直接或间接导致员工工资被扣减或福利减少，那么这种行为不仅违法，还严重侵害了员工的合法权益。员工有权要求店长或公司补发工资、恢复福利，并可能通过法律途径追究店长的法律责任。
   • 间接影响：即使店长吃回扣的行为没有直接扣减员工工资，但如果这种行为导致公司财务状况恶化，进而影响到员工的工资发放或福利待遇，员工同样有权要求公司承担责任，并可能通过法律途径维护自己的权益。

3. 法律建议与维权途径

   • 收集证据：如果员工怀疑店长存在吃回扣的行为，并因此影响了自己的工资福利，首先应尽可能收集相关证据，如工资条、银行流水、聊天记录等，以证明自己的权益受到了侵害。
   • 与公司沟通：在收集到足够证据后，员工可以尝试与公司高层或人力资源部门进行沟通，说明情况并要求解决问题。如果公司能够积极处理并给出合理解决方案，那么问题可能得到妥善解决。
   • 法律维权：如果公司未能给出满意答复或拒绝解决问题，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在必要时，员工还可以考虑通过法律诉讼来追究店长的法律责任。

总结与提醒：店长吃员工回扣的行为在大多数情况下是违法的，并可能严重侵害员工的合法权益。作为员工，应了解自己的权益并勇于维护；作为公司或店长，则应遵守法律法规和职业道德规范，确保公司运营的合法性和合规性。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。