工厂因国庆放假强制扣除两天底薪的做法是不合法的，员工有权要求工厂补发被扣除的工资。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

法律背景

根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，劳动者在法定休假日和婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。国庆节作为法定节假日，员工享有带薪休假的权利，工厂无权因放假而扣除员工的底薪。

工厂行为的违法性

1. 违反法定休假规定：国庆节是法定节假日，员工在此期间休假是法律赋予的权利，工厂不得以任何理由剥夺或变相剥夺这一权利，更不得因此扣除工资。
2. 侵犯员工劳动报酬权：底薪是员工劳动报酬的一部分，工厂无权因非员工原因（如放假）而扣除。这种行为侵犯了员工的劳动报酬权，违反了劳动法的相关规定。

员工应对措施

1. 与工厂协商：首先，员工可以尝试与工厂进行协商，要求工厂补发被扣除的工资。在协商过程中，员工可以引用相关法律法规，以增强自己的说服力。
2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对工厂的违法行为进行调查，并要求工厂改正违法行为，补发被扣除的工资。
3. 申请劳动仲裁或提起诉讼：如果工厂拒绝补发工资，员工还可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，或者向人民法院提起诉讼。在仲裁或诉讼过程中，员工需要提供相关证据（如工资条、考勤记录等）来证明自己的主张。

可能的法律后果

如果工厂因国庆放假而强制扣除员工底薪，且经劳动监察部门调查属实，工厂将面临以下法律后果：

1. 补发工资：工厂需要补发被扣除的工资给员工。
2. 罚款：根据劳动法的相关规定，工厂还可能面临罚款等行政处罚。
3. 声誉损害：工厂的违法行为还可能对其声誉造成损害，影响其在市场上的竞争力。

总结来说，工厂因国庆放假强制扣除员工底薪的做法是不合法的。员工有权要求工厂补发被扣除的工资，并可以通过协商、投诉、仲裁或诉讼等途径来维护自己的合法权益。如果您遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。