结论：有薪假期间发放了工资但底薪扣除了相应天数，这种做法是否正确，需根据具体情况来判断，一般情况下，有薪假期间不应扣除底薪。以下从不同角度进行分析：
一、有薪假的法律性质
有薪假，通常指的是员工在享受假期（如年假、病假、婚假、产假等）期间，用人单位仍需支付其工资的假期。这是法律对员工权益的一种保护，确保员工在休息期间不会因收入中断而影响生活。
二、底薪扣除的合法性分析
年假、婚假、产假等法定假期：
- 根据《劳动法》及相关规定，员工在享受年假、婚假、产假等法定假期期间，用人单位应支付其正常工资，不得扣除底薪。
- 如果用人单位在员工享受这些假期时扣除了底薪，那么这种做法是违法的，员工有权要求用人单位补发工资，并可能向劳动监察部门投诉。
病假：
- 病假期间的工资支付情况可能因地区和用人单位的具体规定而有所不同。但一般来说，员工在病假期间应享受一定的病假工资或疾病救济费，这通常不会低于当地最低工资标准的80%。
- 如果用人单位在员工病假期间完全扣除了底薪，且未支付病假工资或疾病救济费，那么这种做法可能是违法的，具体取决于当地的法律法规和用人单位的规定。
其他非法定假期：
- 对于一些非法定假期（如公司自行规定的奖励假等），工资支付情况可能由用人单位自行规定。但即使如此，用人单位的规定也应合理且合法，不得侵犯员工的合法权益。
- 如果用人单位的规定违反了法律法规或公序良俗，那么这种规定是无效的，员工有权拒绝执行并要求用人单位按照法律法规支付工资。
三、建议与措施
核实假期类型和工资支付规定：
- 员工应首先核实自己享受的是哪种类型的假期，并了解用人单位关于该假期工资支付的具体规定。
与用人单位沟通：
- 如果员工认为用人单位在假期工资支付方面存在问题，可以与用人单位进行沟通，要求其解释并纠正错误做法。
寻求法律援助：
- 如果沟通无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
举例说明：假设某员工享受年假5天，用人单位在其年假期间扣除了底薪。根据《劳动法》的规定，这种做法是违法的。员工有权要求用人单位补发这5天的底薪，并可以向劳动监察部门投诉以维护自己的权益。
最后，如果你在工资福利方面遇到任何问题或疑惑，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。