结论：行政协议中已经约定法院管辖的，一般情况下不影响当事人提起行政复议的权利，但具体能否复议成功需结合协议内容、复议请求及法律规定综合判断。以下从不同角度详细分析：

一、行政协议与管辖约定的法律性质

1. 行政协议的本质
   行政协议是行政机关为实现公共利益，与公民、法人或其他组织协商订立的具有行政法上权利义务内容的协议。其兼具行政性与合同性，但行政性是核心特征。

2. 管辖约定的效力
   行政协议中约定法院管辖（如“争议由某法院管辖”）属于协议条款，通常视为双方对争议解决方式的合意。但需注意：

   • 若约定违反《行政诉讼法》关于级别管辖、专属管辖的强制性规定（如约定基层法院管辖应由中级法院管辖的案件），则该条款无效；
     
   • 若约定合法有效，则当事人可依据协议向约定法院起诉，但不排斥行政复议作为前置或并行程序（除非法律明确排除）。

二、行政复议与诉讼的衔接关系

1. 复议与诉讼的选择权
   根据《行政复议法》及《行政诉讼法》，当事人对行政行为不服的，原则上可自由选择复议或诉讼（法律另有规定的除外）。行政协议中的管辖约定仅针对诉讼程序，不影响复议权的行使。
   例：若行政协议约定“争议由A法院管辖”，当事人仍可向有管辖权的复议机关申请复议；若复议维持原协议，再向A法院起诉。

2. 复议前置的例外情形
   部分法律明确规定复议前置（如纳税争议、反垄断处罚等），但行政协议纠纷通常不属于此类。若协议内容涉及复议前置事项（如征收补偿协议中的补偿标准争议），则需先复议再诉讼。

三、能否提起行政复议的关键因素

1. 复议请求的合法性
   复议需针对行政协议中的具体行政行为（如行政机关单方变更、解除协议的行为），而非协议本身的民事争议。若复议请求涉及协议效力、履行等民事内容，可能被复议机关以“不属于复议范围”为由驳回。
   例：若行政机关未按协议支付补偿款，当事人可复议要求履行；但若仅主张协议条款不公平，则需通过诉讼解决。

2. 复议机关的管辖权
   根据《行政复议法》，复议机关通常为作出行政行为的行政机关的上一级主管部门或本级人民政府。行政协议中的管辖约定不影响复议机关的确定。
   例：若协议由区自然资源局签订，复议机关为区政府或市自然资源局，与协议约定的法院无关。

四、实务建议

1. 优先审查协议条款
   确认管辖约定是否合法有效，以及复议请求是否针对行政行为而非民事争议。

2. 灵活选择救济途径

   • 若希望快速解决争议，可同时申请复议和起诉（但需注意“复议诉讼不并行”原则，即复议期间一般不停止诉讼程序）；
     
   • 若协议涉及复议前置事项，或希望复议机关纠正行政行为，则优先复议。

3. 咨询专业律师
   行政协议纠纷常涉及法律交叉问题，建议根据具体案情制定策略。如有疑问，可直接向我咨询，我将结合协议内容、复议请求及法律规定提供针对性建议。