当合同中既约定了仲裁又约定了诉讼时，这确实是一个需要仔细处理的问题。以下是我为您提供的详细解答：

一、仲裁协议的有效性判断

根据《中华人民共和国仲裁法》及其相关司法解释，仲裁协议应当具有请求仲裁的意思表示、仲裁事项以及选定的仲裁委员会，且仲裁具有惟一性和终局性。若合同中同时约定了仲裁和诉讼，这实际上违反了仲裁的这些基本原则，因此，该仲裁约定通常被认定为无效。

二、处理方式

1. 通过诉讼解决纠纷： 在仲裁协议无效的情况下，双方当事人可以选择通过诉讼方式解决争议。任何一方均可向有管辖权的人民法院提起诉讼，法院将依据民事诉讼的相关程序和实体法律规定来审理案件，并作出具有法律效力的判决。

2. 重新达成仲裁协议： 如果双方仍然希望通过仲裁解决争议，那么可以重新协商并达成一个明确的、符合《仲裁法》规定的仲裁协议。这个新协议应当包括请求仲裁的意思表示、具体的仲裁事项以及选定的仲裁委员会等关键要素。达成后，双方可以将争议提交给选定的仲裁委员会进行仲裁。

三、实际应用与案例分析

以甲公司与乙公司的合同为例，如果合同中约定双方如发生争议，既可以向A仲裁委申请仲裁，也可以向合同签订地的B法院提起诉讼。那么：

• 如果甲公司选择向A仲裁委申请仲裁，且乙公司未在仲裁庭首次开庭前提出异议，那么A仲裁委可以对案件进行审理并作出裁决，该裁决具有法律效力。
• 如果乙公司在仲裁庭首次开庭前提出异议，指出仲裁协议无效，那么甲、乙公司之间的纠纷就只能通过向有管辖权的法院提起诉讼来解决。

四、注意事项与建议

1. 在签订合同时，双方应明确选择仲裁或诉讼作为争议解决方式，避免后续出现管辖争议。
2. 如果选择仲裁作为争议解决方式，应确保仲裁协议的内容完整、明确，符合《仲裁法》的规定。
3. 如果选择诉讼作为争议解决方式，应确保约定符合《民事诉讼法》关于协议管辖的规定，以确保约定的有效性。

综上所述，当合同中既约定了仲裁又约定了诉讼时，双方应了解该仲裁约定通常被视为无效，并根据实际情况选择合适的争议解决方式。希望这些解答和建议能够帮助您在遇到类似情况时做出正确的决策。