结论前置：员工请假流程没走完就休假，公司是否可以罚款需分情况讨论，不能一概而论其合法性。具体如下：

1. 若公司规章制度明确规定且内容合法合理
   • 制度规定方面：公司通过民主程序（如职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定）制定了详细的请假制度，明确规定员工请假必须按照既定流程办理，未完成流程擅自休假的属于违反公司规章制度的行为，并且制度中明确规定了相应的处罚措施，包括罚款等。
   • 合法性判断：在这种情况下，公司依据合法有效的规章制度对员工进行罚款，在一定程度上是具有合法性的。但罚款的金额应当合理，不能超过法定限度。根据相关法律规定，公司对员工的罚款一般不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。例如，员工月工资为5000元，公司罚款最多不能超过1000元，且扣除罚款后员工到手工资不能低于当地最低工资标准。
2. 若公司规章制度存在问题
   • 制度制定程序不合法：如果公司的请假制度没有经过民主程序制定，比如只是公司管理层单方面决定，没有征求员工的意见，那么该制度的合法性就会受到质疑。在这种情况下，公司依据这样的制度对员工进行罚款，员工可以主张该制度对自己不具有约束力，公司的罚款行为可能不合法。
   • 制度内容不合理：即使制度经过了民主程序制定，但如果其中关于罚款的规定不合理，例如罚款金额过高，远远超出了员工因未走完请假流程给公司造成的实际损失，或者对员工的处罚明显不公平、不公正，那么该罚款规定也可能被认定为无效。比如，员工只是因为疏忽忘记提交请假申请，且没有给公司造成任何实际损失，但公司却对其处以高额罚款，这种情况下公司的罚款行为就可能不合法。
3. 若公司没有相关规章制度
   • 缺乏依据：如果公司没有制定明确的请假制度，或者制度中没有规定未走完请假流程就休假的处罚措施，那么公司对员工进行罚款就缺乏合法的依据。在这种情况下，员工可以拒绝公司的罚款要求，公司不能随意对员工进行经济处罚。

建议：对于员工来说，应当严格遵守公司的请假制度，按照规定的流程办理请假手续，避免因未走完流程而引发不必要的纠纷。如果认为公司的罚款行为不合法，可以通过与公司协商、向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁等方式维护自己的合法权益。对于公司来说，应当制定合法、合理、完善的规章制度，并通过合法程序告知员工，同时在对员工进行处罚时要确保处罚依据充分、程序合法、金额合理。

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