在评标过程中，如果暗标部分废标后导致有效投标人不足三家，处理方式需根据项目的具体类型（政府采购项目与非政府采购项目）及废标的具体原因来综合确定。以下是从不同角度给出的详细解答：
一、政府采购项目
招标文件无不合理条款且程序合规
- 处理方式：招标采购单位应报告设区的市、自治州以上人民政府财政部门，经批准后，可采用竞争性谈判、单一来源采购或询价等非招标采购方式继续采购。
- 示例：如某市政府采购办公设备项目，因资格不符等原因废标后不足三家，经审查招标文件及程序无误，可经当地财政部门批准，采用竞争性谈判方式重新采购。
招标文件存在不合理条款或程序不合规
- 处理方式：应重新组织招标，修改完善招标文件以确保其符合法律法规和项目需求，并严格按照法定程序重新招标。
- 示例：若某政府采购工程项目因技术参数设定不合理导致废标，需修订招标文件，确保技术参数合理且符合项目实际需求后，再重新招标。
二、非政府采购项目
项目具有特殊性
- 处理方式：当项目技术复杂或有特殊要求，且潜在投标人有限时，经批准可不再进行招标，而采用其他方式采购，如直接协商采购。
- 示例：涉及特定专利技术的科研项目，因掌握该技术的企业较少，废标后可经相关部门批准，直接与符合条件的企业进行协商采购。
其他情况
- 处理方式：通常需要重新招标。招标人应分析废标原因，改进招标文件和招标过程，重新发布招标公告并组织招标。
- 示例：某民营企业厂房建设项目因公告发布范围过窄，导致废标后不足三家，应扩大公告发布范围，重新招标。
三、通用处理步骤与注意事项
- 明确废标原因：首先需确定废标的具体原因，如投标文件不符合要求、投标人资格不符等，以便针对性地采取措施。
- 依法处理：根据《招标投标法》及相关法规，选择重新招标、请示批准或变更招标方式等合法处理方式。
- 确保程序合法性：无论采取何种方式，都必须严格遵守法律法规和程序要求，确保过程的合法性和公正性。
- 充分沟通协商：与招标人、投标人及监管部门充分沟通，共同商讨解决方案，保障各方利益。
- 加强风险管理：在处理过程中要加强风险管理和防范，避免新的纠纷和风险点出现。
在处理此类问题时，建议招标人或相关方首先咨询专业律师或招标代理机构，以确保处理方式的合法性和有效性。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律指导，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。