结论：注册公司与上班门店名称不一致，并不影响您申请劳动仲裁的权利。关键在于确认劳动关系及收集相关证据，以证明您与实际工作单位之间的法律关系。

一、劳动关系确认

1. 实际用工关系：

   • 劳动关系的核心在于实际用工，而非仅仅依据公司注册名称或门店名称。即使注册公司与上班门店名称不一致，只要您能证明在该门店实际工作，并接受该门店的管理和指挥，即可认定存在劳动关系。
   • 证据收集：工资条、工作证、考勤记录、同事证言、工作邮件或聊天记录等，均可作为证明劳动关系的证据。

2. 法律主体识别：

   • 若门店为注册公司的分支机构或下属单位，且具备用工主体资格，则劳动关系直接与该门店建立。
   • 若门店不具备独立用工主体资格（如仅为办事处或销售点），则劳动关系应与注册公司建立。此时，需证明门店行为代表注册公司，或注册公司对门店用工行为承担责任。

二、申请劳动仲裁的流程与要点

1. 仲裁申请准备：

   • 仲裁申请书：明确申请人（您本人）、被申请人（实际用工单位或注册公司，根据劳动关系确认结果确定）、仲裁请求（如工资支付、经济补偿等）及事实和理由。
   • 证据材料：包括但不限于劳动合同（如有）、工资支付记录、考勤记录、工作证、同事证言等，以证明劳动关系及仲裁请求的事实依据。

2. 仲裁机构选择：

   • 根据实际用工单位或注册公司的所在地，选择相应的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请。

3. 仲裁程序参与：

   • 提交仲裁申请后，等待仲裁委员会受理并安排开庭。
   • 开庭时，需亲自或委托律师出庭，陈述事实、提供证据，并回应对方的质证和辩论。
   • 仲裁委员会将根据双方提供的证据和陈述，作出仲裁裁决。

三、可能面临的法律后果与应对策略

1. 仲裁裁决支持：

   • 若仲裁委员会认定存在劳动关系，并支持您的仲裁请求，则实际用工单位或注册公司需按照裁决结果履行义务（如支付工资、经济补偿等）。

2. 仲裁裁决驳回：

   • 若仲裁委员会认为证据不足或劳动关系不成立，可能驳回您的仲裁请求。此时，您可考虑向人民法院提起诉讼，进一步维护自身权益。

3. 应对策略：

   • 加强证据收集：在申请仲裁前，尽可能收集全面、确凿的证据，以证明劳动关系及仲裁请求的事实依据。
   • 咨询专业律师：在申请仲裁过程中，可咨询专业律师，获取法律意见和诉讼策略，提高仲裁成功率。
   • 保持冷静理性：面对仲裁结果，无论支持或驳回，均需保持冷静理性，依法维护自身权益。

四、特殊情况处理

1. 门店与注册公司关系复杂：

   • 若门店与注册公司之间存在复杂的法律关系（如挂靠、承包等），需进一步分析法律责任主体，确保仲裁申请的被申请人准确无误。

2. 跨地区用工：

   • 若涉及跨地区用工，需注意劳动争议仲裁的地域管辖原则，选择正确的仲裁委员会提交申请。

建议：在申请劳动仲裁前，务必确认劳动关系及收集相关证据。如有需要，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况，提供详细的法律指导和诉讼策略。