结论前置：当工作地和公司注册地不一致时，您可以选择向劳动合同履行地（即实际工作地）或用人单位所在地（即公司注册地）的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。若双方分别向两地申请，则由劳动合同履行地的仲裁委员会管辖。

详细分析：

1. 管辖原则与选择：

   • 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动争议由劳动合同履行地或者用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会管辖。这一规定旨在方便劳动者维权，减少其在仲裁过程中的交通、时间等成本。
   • 劳动合同履行地：指的是您实际工作的地点。例如，如果公司注册在北京，但您在上海工作，那么上海就是您的劳动合同履行地。
   • 用人单位所在地：即公司的注册地或主要办事机构所在地。如果公司注册地与实际经营地不一致，通常以实际经营地为准。

2. 申请仲裁的流程：

   • 准备材料：包括身份证复印件、公司工商登记信息（可通过“国家企业信用信息公示系统”查询）、劳动合同、工资支付记录（如银行流水）、工作证或考勤记录等，以及争议事实的相关证据，如加班未支付证明、未休年假记录、解除劳动关系通知书等。
   • 提交申请：向选定的仲裁委员会提交书面仲裁申请，明确请求事项，如工资差额、经济补偿金等。如果书写困难，也可以口头申请，但应由仲裁委员会记入笔录，并告知对方当事人。
   • 受理审查：仲裁委员会在收到申请后，会在5个工作日内决定是否受理。如果材料不全，会要求您补正；如果不符合条件，则会出具不予受理通知书。
   • 开庭审理：开庭前会优先进行调解，如果调解失败，则进入庭审阶段。您需要按时参加庭审，并提供证据原件进行核对。

3. 特殊情况处理：

   • 如果公司与分公司存在混同用工的情况（如工资由总公司发放，但工作地点在分公司），您可以任选一地仲裁委员会申请仲裁。
   • 如果公司注册地与实际经营地不符，建议您优先选择劳动合同履行地的仲裁委员会，以避免异地奔波的不便。

4. 后续执行与注意事项：

   • 裁决生效：终局裁决自作出之日起生效；非终局裁决则需在15日内未起诉后生效。
   • 强制执行：如果公司不履行裁决，您可以向有管辖权的人民法院申请强制执行。
   • 申请时限：请务必注意，您应当自知道或者应当知道其权利被侵害之日起一年内提起仲裁，否则可能会丧失申请仲裁的权利。
   • 准备充分：在申请仲裁前，建议您尽可能收集齐全所有相关证据，并仔细撰写仲裁申请书，以确保自己的权益得到充分保护。

举例说明： 假设您在北京注册的公司工作，但实际工作地点在上海。现在您与公司发生了劳动争议，您可以选择向上海（劳动合同履行地）或北京（用人单位所在地）的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。如果您和公司都分别向两地的仲裁委员会申请了仲裁，那么根据法律规定，将由上海的劳动争议仲裁委员会进行管辖。

建议： 在处理此类劳动争议时，我建议您首先明确自己的劳动合同履行地和用人单位所在地，然后根据实际情况选择合适的仲裁委员会进行申请。同时，务必注意申请仲裁的时限，并尽可能收集齐全相关证据，以维护自己的合法权益。如果您在申请过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。