核心结论：员工在营业执照名和门店名不一致的情况下，可通过确认劳动关系、收集证据、申请劳动仲裁或提起诉讼等方式维权，具体需结合实际情况选择合适途径。
1. 确认劳动关系主体
首先需明确与员工建立劳动关系的主体是营业执照上的公司，还是门店实际运营方。若门店是营业执照公司的分支机构或加盟店，劳动关系可能仍归属于公司；若门店独立运营但未办理营业执照，则可能涉及无证经营，此时劳动关系主体需通过合同、工资发放记录等证据综合判断。员工可通过查询企业信用信息公示系统，确认营业执照上的公司是否存续及经营范围。
2. 收集证据证明劳动关系
无论门店名与营业执照是否一致，员工均需证明与用人单位存在事实劳动关系。关键证据包括：
- 书面劳动合同（若签订）：合同中用人单位名称应与营业执照一致，若不一致需结合其他证据；
- 工资支付记录：银行流水、转账记录需显示付款方为营业执照公司或关联方；
- 工作证、考勤记录：需体现公司或门店标识；
- 同事证言：证明员工实际为公司工作；
- 沟通记录：如邮件、微信等显示公司对员工的管理指令。
3. 维权途径选择
- 劳动仲裁：若公司未签劳动合同、拖欠工资、未缴社保等，员工可向劳动仲裁委申请仲裁，要求确认劳动关系、支付工资及经济补偿。仲裁时需提交上述证据，并明确被申请人（营业执照公司）。
- 投诉举报：若门店无证经营，员工可向当地市场监管部门举报，要求查处违法行为；同时可向劳动监察部门投诉公司违法用工（如未签合同、未缴社保）。
- 诉讼：对仲裁结果不服的，可向法院起诉；若公司拒不履行仲裁裁决，可申请强制执行。
4. 特殊情形处理
- 加盟店/个体户：若门店是独立个体户，与营业执照公司无关联，则劳动关系主体为个体户经营者。此时需以经营者为被申请人维权。
- 公司注销：若营业执照公司已注销，员工可要求股东或实际控制人承担责任（需证明公司注销后债务承接情况）。
行动建议：
- 立即整理劳动合同、工资记录等证据；
- 向公司发出书面要求（如补缴社保、签订合同），保留送达证据；
- 优先申请劳动仲裁，同步向劳动监察部门投诉；
- 若公司拒不配合，及时委托律师介入，避免超过1年仲裁时效。
如有进一步疑问或需具体指导，可直接向我提问，我会结合您的证据材料提供详细方案。