当承包人未按时提交竣工结算文件时，发包人可以采取以下一系列措施来妥善处理这一问题，确保自身合法权益并推动问题有效解决：

一、明确合同约定与责任

首先，发包人应详细审查与承包人签订的建设工程施工合同，特别是关于竣工结算文件提交的具体条款。这些条款通常会明确规定提交的时间节点、所需资料的详细内容和形式要求，以及逾期提交或未提交可能面临的法律后果。如果合同中已明确约定了承包人不提交竣工结算文件属于违约行为，并规定了相应的违约责任，那么发包人即可依据此条款来追究承包人的责任。

二、积极沟通与协商

1. 发函催告与沟通：

   • 在确认承包人未按合同约定提交竣工结算文件后，发包人应立即向承包人发出书面催告函，明确指出其违约行为，并限定一个合理的期限要求其提交。
   • 同时，尝试通过电话、邮件或会议等方式与承包人进行积极沟通，了解其不提交的原因，并催促其尽快完成提交。在沟通过程中，发包人应保持冷静和专业，避免情绪化言辞，以寻求双方都能接受的解决方案。

2. 引入第三方协调：

   • 若双方直接沟通效果不佳，发包人可考虑引入双方都信任的第三方进行协调，如行业协会、监理单位或专业的工程造价咨询机构。
   • 第三方可凭借其专业知识和中立地位，协助双方解决分歧，推动竣工结算文件的提交。

三、采取法律手段维护权益

1. 行使解除权（若符合条件）：

   • 如果合同中明确约定了承包人不提交竣工结算文件属于严重违约行为，且达到了解除合同的条件，发包人在履行必要的通知程序后，可以解除合同，并要求承包人承担因违约造成的损失。

2. 提起诉讼或仲裁：

   • 若承包人经催告后仍拒绝提交竣工结算文件，发包人可以依据合同约定向有管辖权的人民法院提起诉讼或按照仲裁协议申请仲裁。
   • 在诉讼或仲裁过程中，发包人需提供充分证据证明承包人的违约行为，并可申请法院或仲裁机构委托有资质的工程造价鉴定机构对工程造价进行鉴定，以确定最终的结算金额。

3. 寻求第三方机构调解：

   • 在某些情况下，发包人也可考虑寻求第三方机构（如调解中心等）的调解，以达成双方都能接受的解决方案。这通常是一种更为高效和经济的纠纷解决方式。

四、加强合同条款与预防

为避免类似问题的再次发生，发包人应在未来的合同中加强关于竣工结算文件提交的条款和约定。例如，可以明确规定承包人逾期提交或未提交竣工结算文件的具体违约责任、违约金计算方式以及发包人有权采取的措施等。这样不仅可以更好地保护双方的合法权益，还能确保项目的顺利进行。

综上所述，当承包人未按时提交竣工结算文件时，发包人应通过明确合同约定、积极沟通与协商、采取法律手段以及加强合同条款与预防等措施来有效应对和解决问题。在整个过程中，发包人应保持冷静和专业，确保自身权益得到有效维护。