如果劳动合同中没有明确规定完成一半科研绩效工作量的处理办法，那么通常情况下，雇主不能单方面减少员工的薪酬或采取其他不利措施。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：
一. 劳动合同的约定
- 合同内容的重要性：劳动合同是员工与雇主之间权利与义务的约定，双方应严格遵守。如果合同中没有对完成部分科研绩效工作量的具体情况进行规定，那么雇主就不能随意对员工进行处罚或减薪。
- 科研绩效的特殊性：科研绩效往往具有不确定性和长期性，很难像常规工作那样进行量化考核。因此，在没有明确约定的情况下，更不能轻易对员工进行不利处理。
二. 法律法规的支撑
- 《中华人民共和国劳动法》第三条：劳动者享有取得劳动报酬的权利，用人单位应当按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这表明，在没有合同依据或法律规定的情况下，雇主不能随意减少员工的薪酬。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条：用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。这意味着，如果要对员工的科研绩效工作量进行调整或处理，必须双方协商一致，并以书面形式进行确认。
三. 实际操作的建议
- 与雇主沟通：员工可以与雇主进行沟通，明确科研绩效工作量的具体要求和考核标准，以及完成部分工作量时的处理办法。通过沟通，可以增进双方的理解，避免不必要的纠纷。
- 保留证据：员工应保留好与科研绩效工作量相关的所有证据，如工作记录、邮件往来等。这些证据在发生纠纷时，可以作为维护自己权益的重要依据。
综上所述，在劳动合同没有明确规定完成一半科研绩效工作量的处理办法时，雇主不能单方面对员工进行不利处理。我建议员工与雇主进行积极沟通，明确双方的权利与义务，并保留好相关证据以维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。