结论：公司是否可以留存员工离职后其在职期间公司为其报考的证书，需分情况讨论，具体如下：
证书归属权明确归公司所有
若公司为员工报考证书时，双方在劳动合同、培训协议或相关规章制度中明确约定“证书所有权归公司”，且公司承担了全部或主要费用（如报名费、培训费、考试费等），则公司有权留存证书原件。
法律依据：根据《劳动合同法》第二十二条，用人单位为劳动者提供专项培训费用并约定服务期的，可要求劳动者承担违约责任（但未直接规定证书归属）。若协议中明确约定证书归属，属于双方意思自治范畴，法律一般尊重。
建议：公司需保留协议原件、费用支付凭证等证据，以证明权属约定及费用承担情况。
证书归属权未明确约定或归员工所有
若双方未约定证书归属，或约定证书归员工个人（如证书与员工个人职业资格直接绑定，且公司未承担费用），则公司无权留存证书原件。
法律依据：根据《民法典》第二百四十条，所有权人对自己的不动产或动产依法享有占有、使用、收益和处分的权利。证书作为员工通过个人努力（如考试）获得的成果，若未约定归属公司，应归员工所有。
例外情形：若证书为公司资质必备（如建筑企业资质证书中的员工执业资格），公司可要求员工配合提供证书复印件或协助办理资质延续，但不得扣留原件。
公司以“扣证”为由限制员工离职或索要赔偿
若公司以留存证书为由要求员工支付违约金、赔偿金或拒绝办理离职手续，可能涉嫌违法。
法律依据：根据《劳动合同法》第二十五条，除服务期约定和竞业限制约定外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。若公司未依法约定服务期或未支付专项培训费用，扣证行为可能被认定为违法限制劳动者就业权利。
建议：员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司返还证书并办理离职手续。
总结：公司能否留存证书，关键在于双方是否有明确约定及费用承担情况。建议公司通过协议明确权属，员工在离职时也需核对协议内容，必要时通过法律途径维护权益。如有具体纠纷，可进一步向我咨询细节。