船员上船只有船员上船协议，没有公司劳动合同，这种做法是不合法的。以下从多个角度对此问题进行分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国劳动合同法》第二条的规定，中华人民共和国境内的企业、个体经济组织、民办非企业单位等组织与劳动者建立劳动关系，订立、履行、变更、解除或者终止劳动合同，均适用本法。船员作为劳动者，与用人单位（如航运公司）之间建立的劳动关系，同样受到《劳动合同法》的保护。这意味着，船员与用人单位之间应当签订劳动合同，以明确双方的权利和义务。
二、合同形式与内容
合同形式：船员劳动合同可以是书面合同，也可以是电子合同等其他形式。但为了确保双方权益的明确性和可追溯性，建议采用书面形式。书面合同能够更直观地展示合同内容，便于双方查阅和确认。
合同内容：船员劳动合同应包含用人单位的名称、住所和法定代表人或主要负责人；劳动者的姓名、住址和居民身份证或其他有效身份证件号码；劳动合同期限；工作内容和工作地点；工作时间和休息休假；劳动报酬；社会保险；劳动保护、劳动条件和职业危害防护；以及法律、法规规定应当纳入劳动合同的其他事项。这些内容是劳动合同的基本要素，缺一不可。
三、船员上船协议与劳动合同的区别
船员上船协议可能只是针对船员上船期间的一些特定事项进行约定，如上船时间、下船时间、船上职责等。但它并不能替代劳动合同的法律地位和作用。劳动合同是确立劳动者与用人单位之间劳动关系的基础，它涵盖了劳动者在工作期间的各项权益和义务。而船员上船协议可能只是劳动合同的一个补充或附件，不能单独作为确立劳动关系的依据。
四、不签订劳动合同的法律后果
如果用人单位未与船员签订劳动合同，根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位可能需要承担以下法律后果：
双倍工资赔偿：用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。
劳动争议风险增加：没有劳动合同作为依据，一旦发生劳动争议，如工资纠纷、工伤赔偿等，船员可能面临举证困难的问题，从而增加维权成本。
五、建议与措施
签订书面劳动合同：船员在与用人单位建立劳动关系时，应要求用人单位签订书面劳动合同，并仔细审查合同内容，确保自己的权益得到充分保障。
保留证据：船员应妥善保管劳动合同及相关证据，如工资条、工作证等，以便在发生劳动争议时维护自己的合法权益。
及时维权：如果用人单位未与船员签订劳动合同或违反劳动合同约定，船员应及时向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
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