代理跟船员签合同，如果代理行为是基于船东或船公司的授权，那么这种代理行为是合法的，但代理本身并不等同于船东或船公司（即老板）。以下是对此问题的详细分析：

一. 代理行为的合法性

1. 代理行为的定义：代理行为是指受当事人的委托，代表当事人行使某种权利，做某种事情，如签合同、诉讼等。在民事法律关系中，民事主体可以通过代理人实施民事法律行为。
2. 代理行为的合法性依据：根据民法典的相关规定，民事主体可以通过代理人实施民事法律行为。委托代理人代理权的发生是基于当事人、法定代理人、法定代表人的授权，而不是由法律规定。因此，如果代理跟船员签合同是基于船东或船公司的明确授权，那么这种代理行为是合法的。

二. 代理与船东或船公司的关系

1. 代理的法律地位：代理人在代理权限内，以被代理人（即船东或船公司）的名义实施民事法律行为，其法律后果由被代理人承担。但代理人本身并不等同于被代理人，也不享有被代理人在合同中的权利和义务。
2. 合同主体的识别：在船员与船东或船公司之间的劳务合同中，虽然合同可能由代理人代签，但合同的主体仍然是船员和船东或船公司。代理人只是作为船东或船公司的代表在合同上签字，其签字行为视为船东或船公司的行为。

三. 实际操作中的注意事项

1. 明确代理权限：船东或船公司在授权代理人代签合同时，应明确代理人的代理权限和代理期限，以防代理人超越权限或代理期限而签订合同，导致合同无效或产生纠纷。
2. 合同审查：船员在签订合同时，应仔细审查合同内容，确认合同主体是否为船东或船公司，以及代理人的签字行为是否得到船东或船公司的明确授权。

我的观点：代理跟船员签合同本身并不违法，但前提是代理行为必须基于船东或船公司的明确授权。在实际操作中，各方应明确代理权限和合同主体，以确保合同的合法性和有效性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。