医疗服务机构不支付加班费一般是不合法的，但具体是否合法需根据实际情况判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、法律法规层面
根据《劳动法》的相关规定，用人单位安排劳动者加班的，应当按照国家有关规定向劳动者支付加班费。这一规定适用于所有用人单位，包括医疗服务机构。因此，从法律法规的普遍原则来看，医疗服务机构不支付加班费是违法的。
具体来说，加班费的支付标准通常如下：
- 工作日加班：支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。
- 休息日加班：如果不能安排补休，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。
- 法定节假日加班：支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
二、特殊情况与例外
虽然法律法规有明确规定，但在实际操作中，医疗服务机构可能因工作性质特殊而存在一些例外情况。例如：
- 不定时工作制：如果医疗服务机构的部分岗位实行不定时工作制，且已经劳动行政部门批准，那么这些岗位的劳动者可能不适用加班费的规定。但需要注意的是，不定时工作制并不意味着可以随意加班而不支付报酬，而是指因工作性质特殊，无法按标准工作时间衡量，因此不适用固定加班费标准。
- 综合计算工时制：对于实行综合计算工时制的岗位，如某些需要连续工作的医疗岗位，其加班费支付可能按照综合计算周期内的总工作时间来计算，而非按日或周计算。这种情况下，加班费的支付可能更加复杂，但并不意味着可以完全不支付。
三、实际操作与维权建议
- 核实工作制：如果你在医疗服务机构工作且认为未获得应有的加班费，首先应核实自己的工作制是否属于不定时工作制或综合计算工时制，并确认是否已经劳动行政部门批准。
- 收集证据：保留好加班记录、工资条等证据，以便在维权时提供有力支持。
- 协商与投诉：尝试与用人单位协商解决加班费问题。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 法律途径：如果通过协商和投诉仍无法解决问题，可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益，如提起民事诉讼。
四、特殊岗位与情况
对于医疗服务机构中的某些特殊岗位，如医生、护士等，由于工作性质特殊，可能需要经常加班。在这种情况下，即使实行不定时工作制或综合计算工时制，用人单位也应确保劳动者的平均工作时间不超过法定标准，并按照国家有关规定支付加班费或安排补休。
如果你在医疗服务机构工作且遇到加班费问题，建议直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议和帮助。