实发工资比合同工资高时，加班费的计算仍应基于合同工资，而非实发工资。下面我将对此进行详细分析：

一. 加班费计算基数

1. 法律依据：根据《劳动法》第四十四条以及《工资支付暂行规定》第十三条，加班费的计算应基于劳动者正常工作时间的工资，即劳动合同中约定的工资标准，而非实际发放的工资。
2. 分析说明：实发工资可能包含奖金、津贴、补贴等其他收入，这些并不构成加班费的计算基数。因此，在计算加班费时，应排除这些额外收入，仅以合同工资为准。

二. 加班费计算方法

1. 工作日加班：若在工作日加班，加班费为不低于本人小时工资标准的1.5倍计算。
2. 休息日加班：若在休息日加班又不能安排补休的，加班费为不低于本人日或小时工资标准的2倍计算。
3. 法定节假日加班：若在法定节假日加班，加班费为不低于本人日或小时工资标准的3倍计算。

三. 实例说明

• 例如，假设合同工资为每月5000元，某月实发工资为6000元（包含1000元奖金）。在计算加班费时，应以5000元为基数，而非6000元。若该月在工作日加班10小时，则加班费应为5000元/21.75天/8小时*1.5倍*10小时=431.25元。

综上所述，实发工资比合同工资高时，加班费的计算仍应严格基于合同工资进行。这样做既符合法律法规的规定，也确保了加班费的合理性和公正性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。