用人单位以职工有违法行为解除劳动合同，确实存在时效限制。这一结论主要基于劳动争议申请仲裁的时效规定以及用人单位处理违纪职工的时效考量。以下从不同角度进行详细分析：
一、劳动争议申请仲裁的时效限制
根据《劳动争议调解仲裁法》第二十七条的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。这意味着，如果用人单位以职工有违法行为为由解除劳动合同，并因此引发劳动争议，那么双方需要在知道或应当知道权利被侵害之日起一年内申请仲裁，否则可能面临超过时效的风险。
二、用人单位处理违纪职工的时效考量
一般原则：虽然《劳动合同法》等法律法规并未明确规定用人单位处理违纪职工的具体时效，但结合劳动争议的时效规定，可以合理推断用人单位应当在发现或证实职工违纪行为后的合理时间内进行处理。这一合理时间通常不会超过一年，以与劳动争议申请仲裁的时效期间相协调。
特殊情况：如果职工的违纪行为经过若干年后才被发现并予以证实，处理时效的把握可能更为复杂。在这种情况下，可以参照《民法典》中关于诉讼时效的规定（虽然直接适用于民事纠纷，但可为劳动纠纷提供参考），即从知道或者应当知道权利被侵害时起计算诉讼时效，但最长不得超过二十年（有特殊情况的，人民法院可以延长诉讼时效期间）。然而，在劳动纠纷中，由于劳动关系的特殊性，通常不会采用如此长的时效期间。如果地方法规或司法解释中对处理违纪职工的时效作出相关规定的，则从其规定。
三、实际操作中的建议
及时处理：用人单位在发现职工有违法行为后，应尽快进行调查核实，并在合理时间内作出处理决定。这不仅可以维护用人单位的合法权益，也可以避免因超过时效而面临的法律风险。
完善制度：用人单位应建立健全的规章制度，明确职工违纪行为的认定标准和处理程序。这有助于在发生纠纷时提供有力的证据支持，也可以规范用人单位的处理行为。
法律咨询：在处理涉及职工违法行为的劳动纠纷时，用人单位应及时咨询专业律师，以确保处理行为的合法性和有效性。
举例说明：假设某职工在2020年存在违法行为，但用人单位在2023年才发现并证实。此时，用人单位虽然可以在发现后尽快处理，但需要考虑是否超过了劳动争议申请仲裁的时效期间（一年）。如果超过了时效期间，用人单位可能面临败诉的风险。因此，用人单位在处理此类纠纷时，应特别注意时效问题。
综上所述，用人单位以职工有违法行为解除劳动合同时，确实存在时效限制。这要求用人单位在发现职工违法行为后，应及时、合法地进行处理，以避免因超过时效而面临的法律风险。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。