违反职业病防治法强制性规定的解除劳动关系协议，不受普通仲裁时效的限制，但可能受最长保护时效的限制。以下是对这一问题的详细分析：
一、不受普通仲裁时效限制的理由
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。然而，这一时效规定主要适用于一般的劳动争议案件。对于违反职业病防治法强制性规定而解除劳动关系的协议，其性质更为特殊，因为它直接关系到劳动者的健康权益和生命安全，这是劳动者最基本的权益之一。
职业病防治法旨在保护劳动者免受职业病危害，确保劳动者的健康权益。如果用人单位违反职业病防治法的强制性规定，解除与劳动者的劳动关系，这种行为不仅违反了法律规定，也严重侵害了劳动者的合法权益。因此，对于此类争议，法律往往给予更严格的保护，不受普通仲裁时效的限制。
二、可能受最长保护时效的限制
虽然违反职业病防治法强制性规定的解除劳动关系协议不受普通仲裁时效的限制，但并不意味着劳动者可以无限期地主张权利。根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年，法律另有规定的，依照其规定。这一规定虽然主要针对民事权利的保护，但在劳动争议案件中，也可以作为参考。
在劳动争议案件中，如果劳动者长时间未主张权利，且没有合理的理由（如因不可抗力或其他障碍不能行使请求权），那么其权利可能因超过最长保护时效而得不到法律的保护。不过，需要注意的是，这一最长保护时效并非绝对，具体还需根据案件情况和法律规定进行判断。
三、实际操作中的建议
及时主张权利：劳动者在发现用人单位违反职业病防治法强制性规定解除劳动关系后，应尽快向劳动争议仲裁委员会或人民法院主张权利，以免因超过时效而失去法律保护。
收集证据：在主张权利的过程中，劳动者应积极收集相关证据，如劳动合同、解除劳动关系通知书、职业病诊断证明等，以证明用人单位的违法行为和自己的损失。
咨询专业律师：由于劳动争议案件涉及的法律问题较为复杂，劳动者在主张权利前最好咨询专业律师，了解自己的权益和可能的法律后果，以便更好地维护自己的合法权益。
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