针对您提出的“长期不上班可以直接开除吗”这一问题，我们需要从多个角度进行详细分析，以确保回答的准确性和全面性。
首先，在符合法定条件和程序的情况下，用人单位是可以开除长期不来上班的员工的。但这一行为并非无条件，而是需要满足一系列法律要求和程序。
一、可以开除的情形
严重违反规章制度：
- 如果用人单位的规章制度中明确规定了旷工的情形及天数（如连续旷工3天或累计旷工5天及以上视为严重违纪），并且这些规章制度已经过民主程序制定并公示给员工知晓，那么当员工长期不来上班且达到严重违纪的标准时，用人单位可以依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条第二项的规定，解除劳动合同，且通常无需支付经济补偿金。
医疗期满不能工作：
- 如果员工因患病或非因工负伤长期不能上班，且在规定的医疗期届满后仍不能从事原工作或另行安排的工作，那么用人单位在提前三十日以书面形式通知员工或额外支付一个月工资后，可以解除劳动合同。但这种情况下，用人单位需要支付经济补偿金。
二、开除的法定程序
确保规章制度合法合规：
- 规章制度的内容必须符合法律法规，制定过程需经民主程序，并向员工公示，以确保其合法性和有效性。
收集证据：
- 用人单位应保存考勤记录、请假申请等相关材料，作为员工长时间不上班的证据，以备不时之需。
了解未出勤原因并书面通知返岗：
- 在决定开除前，用人单位应尝试联系员工了解其未出勤的原因，并要求提供相关证明。如果员工无正当理由长期未上班，用人单位应向员工发送书面通知，要求其在指定期限内返岗，并明确告知逾期不返岗的后果。通知应通过可留痕的方式送达，以确保其法律效力。
履行通知义务：
- 在解除劳动合同时，用人单位应依法履行通知或告知义务，确保员工知晓解除劳动合同的原因和依据，以避免后续的法律纠纷。
三、特殊情形的处理
怀孕员工：
- 对于女职工在孕期、产期、哺乳期等特殊时期，用人单位不能随意辞退。如果违法辞退怀孕员工，员工可以要求继续履行合同或要求公司支付二倍的经济补偿金作为赔偿。
工伤员工：
- 如果员工因工伤长期不上班，用人单位应提供必要的支持和合理安排。如果员工已康复但拒绝返岗，用人单位可以协商调整岗位或依据公司规章制度进行处理。
其他特殊保护对象：
- 如员工患病或非因工负伤在规定的医疗期内，用人单位也不能随意开除。
四、法律后果与风险防范
- 如果用人单位满足上述条件和程序后依法开除员工，那么这一行为通常是合法有效的。
- 但如果程序不合法或未遵循相关法律规定，员工有权通过劳动仲裁或诉讼等途径维护自己的合法权益。此时，用人单位可能面临支付经济赔偿金、恢复劳动关系等法律风险。
综上所述，员工长期不来上班时，用人单位不能直接开除，而是需要综合考虑规章制度、法定程序、特殊情形等因素来判断是否可以开除以及开除后的法律后果。务必严格遵循法律规定和程序操作，以避免法律风险。