结论前置：
- 若两家子公司为独立法人且员工分别签订劳动合同：辞退赔偿金需分别计算，各自依据子公司与员工的劳动关系及辞退事由确定。
- 若两家子公司为非独立法人或存在关联用工情形：需结合实际用工关系、劳动合同签订主体及辞退事由综合判断赔偿金责任主体及计算方式。
具体分析：
一、两家子公司为独立法人且员工分别签订劳动合同
若两家子公司均为独立法人（即具有独立民事主体资格），且员工分别与两家子公司签订劳动合同，形成独立的劳动关系，则辞退赔偿金的计算需分别进行：
- 赔偿金计算依据：根据《劳动合同法》第四十七条，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。若用人单位违法解除劳动合同，需按经济补偿标准的二倍支付赔偿金。
- 责任主体：辞退赔偿金的责任主体为作出辞退决定的子公司，与另一家子公司无关。例如，若员工在A子公司工作3年，被A子公司违法辞退，则A子公司需支付6个月工资的赔偿金；若员工同时在B子公司工作2年，被B子公司合法辞退，则B子公司需支付2个月工资的经济补偿。
二、两家子公司为非独立法人或存在关联用工情形
若两家子公司为非独立法人（如分公司），或存在关联用工（如员工实际为集团统一调配，但劳动合同分别与子公司签订），则需结合以下因素判断赔偿金责任主体及计算方式：
- 实际用工关系：若员工实际为一家子公司用工，但劳动合同与另一家子公司签订，可能构成“劳动关系倒挂”。此时，需根据实际用工关系确定责任主体。例如，员工实际在A子公司工作，但劳动合同与B子公司签订，若A子公司为实际用工单位，则辞退责任可能由A子公司承担。
- 关联用工的连带责任：若两家子公司存在关联关系（如控股、参股），且员工同时为两家子公司提供劳动，可能构成“混同用工”。此时，若一家子公司辞退员工，另一家子公司可能需承担连带责任。具体需结合劳动合同签订主体、工资发放主体、社保缴纳主体等因素综合判断。
- 赔偿金计算：在关联用工情形下，赔偿金计算可能需合并计算员工在两家子公司的工作年限。例如，员工在A子公司工作2年，后调至B子公司工作3年，若被B子公司辞退，则赔偿金可能按5年工作年限计算。
建议：
- 核实两家子公司的法人资格及劳动合同签订主体，明确劳动关系归属。
- 审查辞退事由及程序是否合法，避免违法解除劳动合同导致的双倍赔偿风险。
- 若存在关联用工情形，建议通过书面协议明确用工关系及责任划分，降低法律风险。
如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情为您提供详细解答。