针对“城市规划区内集体土地违法建设由谁处理”这一问题，以下是详细解答：
一、核心结论
城市规划区内集体土地上的违法建设，通常由乡镇人民政府、自然资源主管部门以及城管执法部门（在部分地方）共同管理。具体职责分工如下：
乡镇人民政府：
- 负责乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或未按规划许可建设的违法建筑的管理。
- 可责令停止建设、限期改正，逾期不改正的，可以拆除。
自然资源主管部门：
- 对违反土地管理相关规定的违法建筑负责。
- 例如，未经批准非法占用土地建设的，自然资源主管部门可作出责令退还土地、限期拆除地上建筑物等处罚决定。
城管执法部门：
- 在一些地方，城管执法部门也依据相关法规规章的授权，对集体土地上部分违反城乡规划的违法建筑进行查处。
二、详细分析
乡镇人民政府的职责：
- 乡镇人民政府是基层政府，对辖区内的规划、建设活动有直接的监管责任。
- 对于未依法取得规划许可或未按许可建设的违法建筑，乡镇人民政府有权进行查处，包括责令停止建设、限期改正，以及在必要时进行拆除。
自然资源主管部门的职责：
- 自然资源主管部门负责土地资源的保护和管理，对违反土地管理规定的违法建筑有查处权。
- 例如，非法占用土地进行建设的，自然资源主管部门可以责令退还土地，并限期拆除地上建筑物，恢复土地原状。
城管执法部门的职责：
- 城管执法部门在城市管理中扮演着重要角色，对违反城乡规划的违法建筑也有查处权。
- 在一些地方，城管执法部门会依据相关法规规章的授权，对集体土地上的违法建筑进行查处，以维护城市的规划和建设秩序。
三、建议与行动
发现违法建筑时的处理：
- 如果您发现城市规划区内集体土地上有违法建筑，可以向上述对应部门反映，由其依法处理。
- 在反映时，请尽量提供详细的违法建筑信息，如位置、规模、建设时间等，以便相关部门进行查处。
避免自身涉及违法建筑：
- 在进行建设活动时，请务必依法取得规划许可，并按照许可进行建设。
- 避免未经批准擅自占用土地进行建设，以免面临法律处罚。
咨询与维权：
- 如果您对违法建筑的查处有疑问或需要维权，可以直接向我咨询。
- 作为专业律师，我将为您提供专业的法律意见和帮助。
城市规划区内集体土地上的违法建设由多个部门共同管理，包括乡镇人民政府、自然资源主管部门以及城管执法部门（在部分地方）。发现违法建筑时，请向对应部门反映，并依法进行查处。同时，也请避免自身涉及违法建筑，以免面临法律处罚。如有任何疑问或需要维权，请直接向我咨询。