针对您提出的主城区内集体土地违建如何处理的问题，以下是根据相关法律法规和通常做法给出的详细解答：

首先，当相关部门发现集体土地上存在违建时，他们会开展调查工作，以判断该建筑是否确实属于违建。这一步骤是确保后续处理措施合法合规的基础。

如果建筑被认定为违建，相关部门会依法责令违建者立刻停止建设，并要求其在规定的期限内自行拆除违建部分。这是给予违建者自我纠正的机会，以避免进一步的法律后果。

然而，如果违建者未能在规定期限内自行拆除违建，行政机关将依法实施强制拆除。在强制拆除之前，行政机关会履行催告等法定程序，确保违建者的陈述、申辩等权利得到充分保障。这意味着违建者有机会表达自己的意见和看法，并对拆除决定提出异议。

除了拆除违建外，违建者还可能面临罚款的处罚。这是为了对违建行为进行经济上的制裁，以维护土地规划和建设的秩序。

此外，如果违建行为给他人造成了损失，违建者还需要承担相应的赔偿责任。这是为了保护受害者的合法权益，确保他们因违建行为而遭受的损失得到合理的补偿。

如果当事人对违建的认定及处理结果不服，他们可以通过法律途径来维护自己的权益。具体来说，他们可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼，要求对相关决定进行审查并作出公正裁决。

在整个处理过程中，行政机关必须严格遵循法定程序，确保每一个环节都合法合规。这是为了保障各方的合法权益，确保处理结果的公正性和权威性。

综上所述，主城区内集体土地违建的处理方式包括调查认定、责令停止建设并限期拆除、强制拆除、罚款、赔偿以及法律救济等途径。在处理过程中，必须严格遵守法律法规，确保处理结果的合法性和公正性。