每日工作12小时，公司只给3小时加班费，这一做法在一般情况下是不合法的。下面我将从不同角度为您详细分析：
一、正常情况下的工时规定
根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。这意味着，在没有特殊安排和审批的情况下，用人单位要求员工每天工作12小时，明显超出了法定工作时间，属于违法行为。
二、加班程序的合规性
加班时间限制：
- 根据《劳动法》第四十一条，用人单位因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可延长工作时间，一般每日不得超过一小时；特殊原因下，保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，且每月不得超过三十六小时。
- 如果公司要求员工每天工作12小时，但只支付3小时的加班费，这明显违反了上述加班时间的限制，除非这3小时是额外且符合法律规定的加班时间，而其余时间被错误地计算为了正常工作时间。
加班工资支付：
- 用人单位必须按照法律规定支付加班工资。平时加班应支付不低于工资的150%的报酬；休息日加班又不能安排补休的，应支付不低于工资的200%的报酬；法定休假日加班的，应支付不低于工资的300%的报酬。
- 如果公司只支付了3小时的加班费，而实际加班时间远超此数，那么公司显然未按照法律规定支付足额的加班工资。
三、特殊工时制度的适用性
不定时工作制或综合计算工时工作制：
- 特殊行业、岗位经劳动行政部门批准可实行不定时工作制或综合计算工时工作制。
- 在综合计算工时工作制下，计算周期内总工作时间不超过法定标准工作时间总数，即使某一天工作12小时，但在一个计算周期内平均下来符合规定，也是合法的。但这种情况必须经过劳动行政部门的审批，且公司需确保员工的平均工作时间不超过法定标准。
- 如果公司未经过审批就擅自实行特殊工时制度，或者即使经过审批但实际工作时间超出了法定标准，那么公司的做法仍然是违法的。
紧急情况下的例外：
- 根据《劳动法》第四十二条，发生自然灾害、事故或因其他原因威胁劳动者生命健康和财产安全需要紧急处理，以及生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障影响生产和公众利益必须及时抢修等情形下，延长工作时间可以不受第四十一条的限制。
- 但这种情况是极少数且特殊的，不能作为公司长期要求员工超时工作的理由。
四、劳动者权益保护
- 如果公司违反工时规定，强制要求员工长时间工作并未按规定支付相应薪资，将被视为严重违法行为。
- 劳动者有权拒绝超过法定工作时间的工作安排，并有权要求公司支付足额的加班费或进行相应的补偿。
- 劳动者可通过与公司协商解决争议，协商不成时，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自身权益。
建议：
- 劳动者应充分了解自己的工作时间权益，并在必要时采取适当措施维护自身合法权益。
- 如果公司存在违法行为，劳动者可以收集相关证据（如工作记录、加班通知、工资条等），并向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 同时，我也建议公司在安排工作时严格遵守相关法律法规，确保工时安排的合法性和合理性，以维护劳动者的合法权益和公司的良好形象。
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