结论前置：法定节假日加班一天工作12小时，用人单位仅支付日平均工资三倍加班费，这一做法在仅考虑加班时长对应的加班费基数时是合法的，但需确保该三倍工资已涵盖了全部12小时的加班费用。若该三倍工资仅是基于正常日工资计算，未额外考虑超出8小时部分的加班费，则用人单位的做法不合法。
法律分析
法定节假日加班工资的计算依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条第三项规定，法定休假日安排劳动者工作的，应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这里的“工资”通常指的是劳动者的日工资或小时工资。
加班时长的考虑：
- 劳动法规定，劳动者每日工作时间不超过八小时。因此，在法定节假日加班12小时，实际上包含了正常8小时的工作时间和额外的4小时加班时间。
- 对于这额外的4小时加班，虽然劳动法未明确规定法定节假日加班超出8小时部分的具体倍数（是否要在三倍基础上再增加），但按照公平合理的原则，这12小时都应按三倍工资计算，用人单位不能仅按正常日工资的三倍来支付整个12小时的加班费，否则将违反劳动法关于加班工资支付的规定。
具体计算方法：
- 假设劳动者的月工资为5000元，那么其日工资约为229.89元（5000元 ÷ 21.75天，其中21.75天是月计薪天数）。
- 小时工资则为日工资除以8小时，即约28.74元/小时。
- 若用人单位仅按日工资的三倍支付加班费，则加班费为229.89元 × 3 = 689.67元，但这仅覆盖了8小时的加班费用（若按此逻辑拆分，相当于每小时约86.21元，远高于三倍小时工资，但整体仍不足12小时三倍工资）。
- 正确的计算方法应是：小时工资 × 12小时 × 300% = 28.74元 × 12 × 3 = 1034.64元。
劳动者应对建议
核查加班费计算方式：
- 劳动者应首先核查用人单位计算加班费的方式，确保加班费已按法定标准支付。
与用人单位沟通：
- 如发现用人单位未按规定支付加班费，劳动者可与用人单位的人力资源部门或相关负责人进行沟通，明确指出法律规定，并要求按照法定标准支付工资。
寻求法律援助：
- 若沟通无果，劳动者可向当地的劳动监察部门投诉，或咨询当地的人力资源和社会保障部门以获取帮助。
- 劳动者还可直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付法定节假日的三倍工资差额。对仲裁结果不服的，还可向人民法院提起诉讼。
对用人单位的提醒
用人单位应严格遵守劳动法律法规，合理安排员工的工作时间和休息时间。在法定节假日安排加班时，应确保按照法定标准支付加班费，以维护员工的合法权益并避免不必要的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律指导，可以直接向我咨询。