可以认定工伤。针对指派员工到高原地区出差发生高原反应受伤的情况，我们可以从以下几个方面进行详细分析：
一、工伤认定的基本原则
根据《工伤保险条例》的相关规定，工伤认定主要遵循“三工”原则，即工作时间、工作场所、因工作原因。在您描述的情况中，员工是在被指派到高原地区出差期间发生的高原反应受伤，这明显符合“工作时间”和“因工作原因”的要求。至于“工作场所”，虽然高原地区并非员工日常的工作地点，但出差本身是工作的一部分，因此出差地也可以视为工作场所的延伸。
二、高原反应与工伤的关系
高原反应的性质：高原反应是由于人体在高海拔地区因缺氧而引发的一系列生理反应。这种反应并非员工主观意愿所能控制，而是由于工作环境（高原地区）的特殊性所导致的。
工伤认定的合理性：将高原反应导致的伤害认定为工伤，是出于对员工身体健康的保护和对工作环境的合理考量。员工在出差期间，由于工作需要而身处高原地区，因此发生的高原反应应被视为工作过程中的一种风险。
三、工伤认定的具体流程
及时报告：员工或其家属应在事故发生后及时向用人单位报告，并尽快申请工伤认定。
提交材料：在申请工伤认定时，需要提交相关证明材料，如医疗证明、出差证明等，以证明员工是在工作过程中发生的高原反应受伤。
工伤认定决定：社会保险行政部门在收到申请后，会进行调查核实，并作出是否认定为工伤的决定。
四、可能存在的争议点
虽然从法律原则上讲，高原反应导致的伤害可以认定为工伤，但在实际操作中，可能会存在一些争议点，如：
高原反应的严重程度：如果高原反应症状较轻，且未造成严重后果，可能会引发关于是否应认定为工伤的争议。但一般来说，只要高原反应导致了员工身体受伤或需要医疗救治，就应被视为工伤。
用人单位的抗辩：用人单位可能会以员工未遵守高原地区的工作安全规定为由进行抗辩。但这种情况下，需要具体分析员工是否确实存在违规行为，以及该行为与高原反应受伤之间是否存在因果关系。
五、法律建议
保留证据：员工在出差期间应保留好相关证据，如医疗记录、出差通知等，以备在申请工伤认定时使用。
及时申请：一旦发生高原反应受伤的情况，员工或其家属应及时向用人单位报告，并尽快申请工伤认定，以免错过申请时限。
寻求法律帮助：如果在工伤认定过程中遇到困难或争议，员工可以寻求专业律师的帮助，以维护自己的合法权益。
综上所述，指派员工到高原地区出差发生高原反应受伤的情况，是可以认定为工伤的。但在实际操作中，需要注意保留证据、及时申请，并在必要时寻求法律帮助。如果您或您的员工遇到此类情况，可以直接向我咨询，我会提供专业的法律建议。