您好，关于您提出的新员工第二年交公积金是否合法的问题，我可以明确地告诉您，单位为员工缴存住房公积金是具有强制性的，且这一义务并不因员工是否处于试用期或入职的第二年而有所改变。

首先，根据《住房公积金管理条例》的相关规定，单位录用职工的，应当自录用之日起30日内向住房公积金管理中心办理缴存登记，并办理职工住房公积金账户的设立或者转移手续。同时，单位应当按时、足额缴存住房公积金，不得逾期缴存或者少缴。这意味着，从员工被录用的那一刻起，单位就有义务为其缴存住房公积金，且这一义务是持续存在的，不受时间（如试用期、入职第二年等）的限制。

其次，对于新参加工作的职工，根据《住房公积金管理条例》第十七条的规定，应从参加工作的第二个月开始缴存住房公积金。这一规定进一步明确了单位为新员工缴存住房公积金的起始时间，即从员工正式参加工作的第二个月起，单位就应当开始为其缴存住房公积金。

此外，我还想强调的是，住房公积金是单位及其职工必须依法缴存的长期住房储金，其缴存具有强制性和专属性。单位不办理住房公积金缴存登记或者不为本单位职工办理住房公积金账户设立手续的，将面临住房公积金管理中心的责令限期办理，甚至可能被处以罚款。同样，单位逾期不缴或者少缴住房公积金的，也将被责令限期缴存，逾期仍不缴存的，住房公积金管理中心可以申请人民法院强制执行。

因此，无论是从法律法规的角度，还是从维护员工合法权益的角度出发，单位都应当按时、足额为员工缴存住房公积金，不受员工入职时间或是否处于试用期的影响。希望这个解答能够消除您的疑惑，如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。