结论：单位将员工停勤并指控员工旷勤的行为，可能涉及违法，员工有权通过法律途径维护自身权益。以下是对此问题的详细分析：
一、单位行为的合法性分析
停勤的合法性：
- 单位单方面停勤员工，需有明确的规章制度或合同约定作为依据。若无相关依据，单位的行为可能构成违法。
- 即便有规章制度或合同约定，若其内容违反法律法规（如剥夺员工基本劳动权利），则该规定无效，单位仍需承担法律责任。
旷勤指控的合法性：
- 旷勤通常指员工无正当理由未到岗工作。若员工因单位停勤而无法到岗，则不构成旷勤。
- 单位指控员工旷勤，需提供充分证据证明员工无正当理由未到岗。若无法提供，则指控不成立。
二、员工权益保护
收集证据：
- 员工应收集与停勤、旷勤指控相关的所有证据，包括但不限于停勤通知、考勤记录、工作安排、沟通记录等。
- 证据应真实、完整、合法，能够证明员工未到岗的原因及单位的责任。
与单位协商：
- 员工可尝试与单位协商，要求单位撤销停勤决定、撤销旷勤指控，并恢复员工的工作岗位和工资待遇。
- 协商过程中，员工应保持冷静、理性，避免情绪化行为影响协商结果。
申请劳动仲裁：
- 若协商无果，员工可向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求单位承担违法责任。
- 劳动仲裁过程中，员工需提交充分证据证明单位的违法行为及自身权益受损情况。
提起诉讼：
- 若对劳动仲裁结果不满，员工可向法院提起诉讼，要求单位承担更严重的法律责任。
- 诉讼过程中，员工需遵循法院程序，提交证据、参与庭审等。
三、可能的法律后果
单位承担违法责任：
- 若单位行为被认定为违法，单位可能需承担支付违法解除劳动合同赔偿金、恢复员工工作岗位和工资待遇等法律责任。
员工获得赔偿：
- 员工因单位违法行为遭受损失的，有权要求单位赔偿损失，包括但不限于工资损失、精神损害赔偿等。
四、建议与提醒
- 及时行动：员工在发现单位违法行为后，应及时采取行动保护自身权益，避免拖延导致证据灭失或权益受损。
- 咨询专业律师：虽然我作为李东阳律师在此提供法律咨询，但员工在处理具体法律问题时，仍建议咨询专业律师以获取更具体、更专业的法律建议。不过，您现在就可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律指导。
- 保留证据：员工应妥善保管与案件相关的所有证据，以备不时之需。
综上所述，单位将员工停勤并指控员工旷勤的行为可能涉及违法。员工有权通过收集证据、与单位协商、申请劳动仲裁或提起诉讼等途径维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。