结论是：公司因员工工伤事故扣您作为兼职安全员的奖金是否合法，需视具体情况而定，不能一概而论。以下是从不同角度进行的分析：
一、从劳动合同和公司规章制度的角度
劳动合同约定：
- 如果您与公司签订的劳动合同中明确规定了，在员工发生工伤事故时，公司有权扣除安全员的奖金，且这种扣除不违反法律法规的强制性规定，那么公司扣除奖金的行为可能是合法的。但这种情况较为少见，因为通常劳动合同不会如此具体地规定此类细节。
公司规章制度：
- 公司内部可能有关于安全管理和奖惩的规章制度。如果这些规章制度明确规定了，在员工发生工伤事故时，安全员需要承担一定的责任，包括扣除奖金等，且这些规章制度已经过民主程序制定并公示，那么公司扣除奖金的行为可能有一定的依据。但同样，这种扣除也需要合理且不违反法律法规。
二、从法律法规的角度
《工伤保险条例》：
- 根据《工伤保险条例》，员工发生工伤事故后，应享受相应的工伤保险待遇。该条例并未规定安全员需要因员工工伤事故而承担个人经济责任，如扣除奖金等。因此，从这一角度来看，公司扣除您奖金的行为可能缺乏法律依据。
劳动法相关规定：
- 劳动法规定，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。同时，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。如果公司扣除您奖金的行为违反了这些规定，那么该行为可能是不合法的。
三、从责任划分的角度
安全员职责：
- 作为兼职安全员，您的职责是协助公司进行安全管理，预防工伤事故的发生。但您并不直接对工伤事故的发生承担全部责任。工伤事故的发生可能涉及多种因素，如设备故障、操作不当、管理疏忽等。因此，将工伤事故的全部责任归咎于您并扣除奖金，可能过于苛刻且不合理。
责任划分原则：
- 在处理工伤事故时，应遵循责任划分原则，即根据事故发生的具体原因和各方的过错程度来划分责任。如果公司未能提供足够的安全培训、防护设备或存在管理疏忽等过错，那么公司也应承担相应的责任，而不能单纯地将责任归咎于您。
建议
与公司沟通：
- 您可以首先与公司进行沟通，了解公司扣除奖金的具体原因和依据。如果公司无法提供合理的解释和依据，或者其解释和依据违反了法律法规或劳动合同的约定，那么您可以考虑采取进一步的措施。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果与公司沟通无果，您可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求公司返还被扣除的奖金并承担相应的法律责任。如果对劳动仲裁结果不满，您还可以向法院提起诉讼。
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