结论：企业中有人报工伤后，扣全体员工的部分年底奖金是否合法，需根据具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
工伤期间工资待遇保护角度
- 根据《工伤保险条例》第三十三条，职工因工作遭受事故伤害或患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，这包括年终奖作为工资福利的一部分，应由单位按月支付。因此，若因某员工工伤而扣除全体员工的年终奖，显然违反了这一规定，是不合法的。
公司规章制度与劳动合同角度
- 如果公司的规章制度或劳动合同中明确规定了年终奖的发放与特定考核指标（如个人业绩、出勤情况）挂钩，并且这些规定是通过民主程序制定的，不违反国家法律、行政法规及政策规定，并已向劳动者公示，那么在工伤员工未满足这些条件时，扣除其年终奖可能被视为合法。但这一合法性仅针对该工伤员工，而非全体员工。若公司以此为由扣除全体员工的年终奖，则缺乏合法依据。
年终奖的性质与发放原则
- 年终奖通常被视为对员工一年工作表现的奖励，其发放应基于公平、合理的原则。若公司因个别员工工伤而扣除全体员工的年终奖，这种做法显然违背了公平原则，也可能对员工的积极性和团队凝聚力造成负面影响。
法律建议：
- 对于公司：应严格遵守相关法律法规，确保员工的合法权益不受侵害。在制定规章制度和劳动合同时，应明确年终奖的发放条件和标准，并确保这些规定合法、合规、合理。若因特殊情况需要调整年终奖的发放，应提前与员工进行沟通，并征得员工的同意。
- 对于员工：若发现公司因个别员工工伤而扣除全体员工的年终奖，应首先查看公司的规章制度和劳动合同，确认是否存在相关条款。若不存在或条款不合法，可与公司进行协商，要求公司支付被扣除的年终奖。若协商无果，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或向人民法院提起诉讼，以维护自身合法权益。
可能后果：
- 若公司违法扣除年终奖，可能面临劳动争议仲裁或诉讼的风险，需要承担相应的法律责任，包括支付被扣除的年终奖、赔偿金等。
- 此类行为还可能对公司的声誉和形象造成负面影响，影响员工的忠诚度和团队凝聚力。
综上所述，企业中有人报工伤后，扣全体员工的部分年底奖金是否合法，需根据具体情况判断。若公司违反相关法律法规或规章制度，员工有权维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。