关于您提出的“因工伤缺勤，扣发年终奖金是否合法”的问题，这确实是一个涉及劳动者权益的重要议题。以下是我根据相关法律法规和司法实践，为您提供的详细解答：
一、工伤期间工资待遇的基本保护
根据《工伤保险条例》第三十三条的规定，职工因工作遭受事故伤害或患职业病需要暂停工作接受医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇是不变的。这里的“原工资福利待遇”明确包括了年终奖作为工资福利的一部分，因此，在停工留薪期内，单位应当按月支付年终奖（如果年终奖是按月或按季度预发的话，或者按比例支付年度年终奖），不得随意扣除。停工留薪期一般不超过12个月，特殊情况下可延长，但总时长不超过24个月。期满后，则按伤残待遇执行。
二、合法扣除年终奖的条件
尽管有上述基本保护，但年终奖的发放若与特定考核指标（如个人业绩、出勤情况等）挂钩，并且这些指标已在合法有效的规章制度或劳动合同中明确规定，那么在工伤期间未满足这些条件时，扣除年终奖可能被视为合法。不过，这里有几个关键点需要注意：
规章制度的合法性：该规章制度必须是通过民主程序制定的，不违反国家法律、行政法规及政策规定，并且已经向劳动者进行了公示。
考核指标的合理性：考核指标应当合理且与年终奖的发放紧密相关，不能随意设定或滥用。
三、特殊情况的考量
如果年终奖与员工的个人工作表现紧密相关，且公司有明确的考核标准和合法的规章制度支持，那么工伤期间的缺勤或无法完成工作任务确实可能影响年终奖的发放。但即便如此，公司的规定也必须合法合规，并且能够证明其合理性，不能侵犯劳动者的合法权益。
四、劳动者的权益保护
面对此类问题，劳动者可以采取以下措施来维护自己的权益：
审查公司规定与劳动合同：首先查看公司的规章制度和劳动合同，确认是否存在关于工伤期间年终奖扣除的条款，以及这些条款的合法性。
与公司协商：尝试与公司进行沟通，依据法律规定提出自己的诉求，要求公司支付应得的年终奖。
申请劳动仲裁：如果协商无果，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，请求裁决公司支付被扣除的年终奖。
提起诉讼：对仲裁结果不满的，可以在法定期限内向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
综上所述，工伤期间是否扣除年终奖并非一概而论，而是需要根据具体的法律法规、公司规章制度以及劳动合同的约定来判断。作为劳动者，您应当充分了解自己的权益，并在必要时采取适当的措施来维护。希望这些解答能够对您有所帮助。