结论：工伤休息期间是否扣除年终奖，需根据具体情况判断。一般情况下，工伤休息期间不应当扣年终奖，但若公司规章制度或劳动合同中有明确且合法的相关规定，则可能允许扣除。
一、一般情况下工伤休息期间不应扣年终奖
法律依据：
- 根据《工伤保险条例》第三十三条，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。年终奖作为工资福利的一部分，理应包含在内。
年终奖的性质：
- 年终奖是用人单位根据全年经济效益和对员工全年工作业绩的综合考核情况发放的一次性奖金，属于工资的组成部分。工伤职工在停工留薪期内已经承受了身体和精神上的痛苦，如果此时再扣除其年终奖，无疑会进一步加重其经济负担和心理压力，这不符合法律对工伤职工权益的保护原则。
企业人文关怀：
- 企业作为社会责任的主体，应当关心关爱工伤职工，积极为其排忧解难。在工伤职工休息期间，确保其年终奖不受影响，是企业应尽的社会责任和义务。
二、特殊情况下可能允许扣除年终奖
公司规章制度或劳动合同中的规定：
- 如果公司的规章制度或劳动合同中明确规定了年终奖的发放条件和计算方式，并且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司可以按照这些规定来处理年终奖的发放问题。例如，如果年终奖与员工的出勤情况紧密挂钩，且工伤期间确实无法出勤，那么公司可能根据规定扣除部分或全部年终奖。
合法扣除的条件：
- 即便公司规章制度或劳动合同中有相关规定，也需确保这些规定是通过民主程序制定的，不违反国家法律、行政法规及政策规定，并已向劳动者公示。否则，这些规定可能被视为无效，公司不得据此扣除年终奖。
三、劳动者的权益保护
审查公司规定与劳动合同：
- 劳动者应首先查看公司的规章制度和劳动合同，确认是否存在关于工伤期间年终奖扣除的条款，以及这些条款的合法性。
维权途径：
- 协商：尝试与公司进行沟通，依据法律规定提出自己的诉求，要求公司支付被扣除的年终奖。
- 劳动仲裁：若协商无果，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，请求裁决公司支付被扣除的年终奖。
- 诉讼：对仲裁结果不满的，可在法定期限内向人民法院提起诉讼，以维护自身合法权益。
四、建议
- 保留证据：劳动者在工伤期间应保留好相关证据，如工伤认定书、医疗诊断证明、劳动合同等，以便在维权时使用。
- 及时咨询：如果劳动者对公司的做法有疑问或不满，应及时向我咨询，以便了解自己的权益和维权途径。
总之，工伤休息期间是否扣除年终奖并非一概而论，而需根据具体的法律法规、公司规章制度以及劳动合同的约定来判断。劳动者在面对此类问题时，应充分了解自己的权益，并采取适当的措施来维护。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。