关于您提出的“工伤休息半年扣发年终奖可以吗”这一问题，我可以明确地告诉您：工伤休息期间不应当扣年终奖。以下是我为您详细解释的原因：

首先，从法律依据上来看，《工伤保险条例》第三十三条有明确规定，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这里的“原工资福利待遇”就包括了基本工资、奖金、津贴等，年终奖作为奖金的一种，自然也包含在内。

其次，年终奖是用人单位根据全年经济效益和对员工全年工作业绩的综合考核情况发放的一次性奖金，它属于工资的组成部分，是对员工一年辛勤工作的奖励。工伤职工虽然因为工作原因暂时无法工作，但他们在过去的一年中已经为公司做出了贡献，因此有权获得相应的年终奖。

再者，工伤是由于工作原因导致的意外伤害或职业病，员工本身并无过错。在工伤休息期间，员工已经承受了身体和精神上的痛苦，如果此时再扣除其年终奖，无疑会进一步加重其经济负担和心理压力。这既不符合法律对工伤职工权益的保护原则，也不符合企业的人文关怀精神。

当然，如果公司的规章制度或劳动合同中明确规定了年终奖的发放条件和计算方式，并且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司可以按照这些规定来处理年终奖的发放问题。但即便如此，对于工伤职工在停工留薪期内的年终奖，公司也应当予以保障，不得无故扣除。

综上所述，工伤休息期间不应当扣年终奖。如果您遇到了这样的情况，建议您先与公司进行沟通协商，如果无法解决，可以向当地的劳动监察部门投诉或者寻求法律援助。希望我的解答能够对您有所帮助。