工伤职工的年终奖一般不应被扣发，但具体是否扣发需结合单位的合法规章制度、劳动合同约定以及实际情况进行综合判断。以下是从不同角度的详细分析：
一、法律依据与工伤待遇原则
根据《工伤保险条例》第三十三条的规定，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。年终奖作为工资福利待遇的重要组成部分，在工伤职工停工留薪期内，理应包含在内，不应在工伤期间被扣除。工伤保险的核心目的是为因工受伤的职工提供医疗救治和经济补偿，确保其基本生活和权益不受损害。因此，扣发工伤职工的年终奖将违背这一基本原则，影响工伤职工的经济权益和康复积极性。
二、单位规章制度与劳动合同约定
明确规定的情况：
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了年终奖的发放条件，并且这些条件与工作绩效、出勤等挂钩，那么工伤职工在工伤治疗期间若无法正常出勤或完成工作任务，可能会影响其绩效考核，进而影响年终奖的发放。但前提是，这些规定必须合法、合理，不存在歧视性条款，且公司已明确告知劳动者。
- 若劳动合同或公司规章制度中没有排除工伤职工享受年终奖的条款，只要工伤职工符合年终奖的发放条件（如工作满一年且年度考核合格），公司就应当发放年终奖，不得因工伤而拒绝。
未明确规定的情况：
- 当劳动合同和公司规章制度都没有对年终奖的发放作出明确规定时，从公平合理原则出发，工伤职工不应因其履行工作职责受伤而受到不合理的待遇差别。公司应综合考虑工伤职工的工伤情况、平时工作表现等因素，酌情决定年终奖的发放。
三、实际情况与公平合理原则
- 在实际操作中，工伤职工是否享有年终奖还需考虑其工伤前的贡献、工伤对工作的影响程度以及公司的整体经营状况等因素。如果工伤职工在工伤前已经为公司做出了显著贡献，且年终奖与其工作表现直接相关，那么单位应考虑其前期贡献发放年终奖。
- 同时，从公平合理的角度出发，工伤是职工在工作过程中不幸遭遇的事故，职工本身是受害者。若仅因工伤就扣除年终奖，对工伤职工而言显然是不公平的，也不符合社会公正和保障职工合法权益的原则。
四、特殊情况下的处理
- 在某些特殊情况下，如单位的年终奖发放有明确的考核标准，且工伤职工因受伤确实未能达到相应考核要求（如因工伤长时间缺勤影响了单位整体业绩分配等），单位可依据合法有效的规章制度和考核结果来确定是否发放及发放的数额。然而，这种情况应是极少数且有充分合理依据的，单位在做出决定时应谨慎并充分考虑工伤职工的实际情况和权益。
五、维权建议
- 如果工伤职工认为自己的年终奖权益受到了侵犯，可以先与公司进行协商沟通，要求其说明理由。若协商不成，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维权。在维权过程中，工伤职工应保留好相关证据，如劳动合同、公司规章制度、工伤认定书、医疗证明等，以便在需要时提供证明。
综上所述，工伤职工的年终奖一般不应被扣发，但具体是否扣发需结合单位的合法规章制度、劳动合同约定以及实际情况进行综合判断。在处理此类问题时，应坚持公平合理原则，既要保障工伤职工的合法权益，也要兼顾用人单位的经营自主权。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。