工伤假期间，年终奖是否会被扣除，需结合具体情况综合判断，一般情况下不应被扣发，但并非绝对。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律法规基础与原则
根据《工伤保险条例》第三十三条，职工因工作遭受事故伤害或患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。年终奖作为工资福利待遇的一部分，原则上应包含在内，不应在工伤期间被扣除。工伤保险的核心目的是为因工受伤的职工提供医疗救治和经济补偿，确保其基本生活和权益不受损害，扣发年终奖将违背这一基本原则。
二、关键考量因素
劳动合同与公司规章制度
- 劳动合同约定：若劳动合同中明确规定了年终奖的发放条件和标准，且未将工伤职工排除在外，则工伤职工有权依据合同约定获得年终奖。
- 公司规章制度规定：规章制度应合理合法，并明确年终奖的发放规则。若规章制度规定了工伤职工在工伤休假期间不影响年终奖的发放，则应遵守；反之，若与出勤、业绩等挂钩，且工伤影响了这些指标，单位可依据规章制度调整年终奖，但该规章制度需经民主程序制定并向员工公示方为有效。
年终奖性质
- 若年终奖被明确纳入工资结构，作为劳动报酬的一部分，则工伤职工在停工留薪期内应享有与原工资待遇相当的年终奖。
- 若年终奖是基于工作表现、业绩贡献等发放的奖励，则需进一步评估工伤对劳动者工作表现及单位业绩的实际影响。
休假时间长短与实际工作情况
- 若休假时间较短，未对工作任务的完成造成实质性影响，也未给用人单位带来额外负担，则用人单位应按原约定发放年终奖。
- 若休假时间较长，导致劳动者无法完成工作任务，或给用人单位造成了较大经济压力，则用人单位可根据实际情况合理调整年终奖数额。
公平合理原则
- 在劳动合同和规章制度无明确规定时，法院或劳动仲裁机构会遵循公平合理原则。若工伤职工虽休工伤假，但工伤前工作表现良好，对单位有贡献，且工伤是因工作原因导致，从公平角度出发，可能会支持工伤职工获得一定比例的年终奖。
三、特殊情况下的处理
- 工伤职工严重违规或故意行为导致工伤：如工伤系由职工本人严重违反操作规程或故意行为导致，且公司规章制度明确规定此情况下不发放年终奖，则单位有权不发放。
- 年终奖发放与全体员工年度工作绩效成果分配挂钩：工伤职工在工伤前的工作表现如达标，则应获得相应奖金。
- 用人单位政策限制：用人单位如依法合理制定政策，规定工伤员工休养康复期间无年终奖，并已事先充分告知员工，该政策对工伤员工的年终奖权益将产生限制作用。
四、维权建议
若您认为自己的年终奖权益受到侵犯，可采取以下措施维护自身权益：
- 查阅公司规章制度：了解年终奖的发放条件和标准，以及公司对工伤职工年终奖的处理规定。
- 与用人单位协商：尝试与用人单位沟通，寻求和解，明确自己的权益和诉求。
- 请求工会介入调解：若协商无果，可请求工会介入调解，以达成双方都能接受的解决方案。
- 申请劳动仲裁或提起诉讼：若调解仍无果，您可依法向劳动争议仲裁委员会提起仲裁申请，或通过司法途径维护自身合法权益。
综上所述，工伤假期间年终奖是否会被扣除，需综合考虑劳动合同、公司规章制度、年终奖性质、休假时间长短及实际工作情况等多方面因素来确定。在处理此类纠纷时，应遵循法律法规的规定，同时兼顾公平合理原则，确保劳动者的合法权益得到妥善保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。