工伤假期间，员工的年终奖一般不应被扣除，但具体是否扣发需结合单位的合法规章制度、劳动合同约定以及实际情况进行综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与工伤待遇原则
根据《工伤保险条例》第三十三条的明确规定，职工因工作遭受事故伤害或患职业病需暂停工作接受医疗的，在停工留薪期内，其原工资福利待遇应保持不变，由所在单位按月支付。年终奖作为工资福利待遇的重要组成部分，理应包含在内，不应在工伤期间被扣除。工伤保险的核心目的就是为因工受伤的职工提供医疗救治和经济补偿，确保其基本生活和权益不受损害。因此，扣发工伤职工的年终奖将违背这一基本原则，影响工伤职工的经济权益和康复积极性。
二、单位规章制度与公平合理原则
合法合理的规章制度：单位在制定年终奖发放制度时，应遵循法律法规的强制性规定，并确保制度的合法性和合理性。如果规章制度中明确规定了年终奖的发放条件（如与工作表现、业绩完成情况挂钩），且这些规定不违反法律，那么在工伤职工确实因工伤无法完成工作任务或业绩不达标的情况下，单位可根据制度进行相应调整。但这种制度必须经过民主程序制定并向职工公示或告知，否则可能因程序不合法而无效。
公平合理原则的考量：从公平合理的角度出发，工伤是职工在工作过程中不幸遭遇的事故，职工本身是受害者。若仅因工伤就扣除年终奖，对工伤职工而言显然是不公平的，也不符合社会公正和保障职工合法权益的原则。因此，在处理工伤职工年终奖问题时，单位应充分考虑工伤职工的实际情况和权益，避免一刀切地扣除年终奖。
三、特殊情况的考虑
尽管一般情况下工伤职工的年终奖不应被扣发，但在某些特殊情况下，如单位的年终奖发放有明确的考核标准，且工伤职工因受伤确实未能达到相应考核要求（如因工伤长时间缺勤影响了单位整体业绩分配等），单位可依据合法有效的规章制度和考核结果来确定是否发放及发放的数额。然而，这种情况应是极少数且有充分合理依据的，单位在做出决定时应谨慎并充分考虑工伤职工的实际情况和权益。例如，如果工伤职工在工伤前已经完成了大部分工作任务，且其工伤对整体业绩的影响较小，那么单位就不应轻易扣除其年终奖。
四、实际操作建议
查阅劳动合同和规章制度：工伤职工和用人单位应首先查阅劳动合同和单位规章制度中关于年终奖发放的规定，了解是否有明确约定或规定以及这些约定或规定是否合法合理。
充分沟通协商：在了解相关规定后，工伤职工和用人单位应进行充分沟通协商，就年终奖的发放问题达成一致意见。如果双方无法协商一致，可以寻求劳动争议调解委员会或劳动仲裁机构的帮助。
寻求法律援助：如果工伤职工认为自己的权益受到侵害，可以寻求法律援助或咨询专业律师（即我本人），了解自己的法律权益和维权途径。
总结来说，工伤职工的年终奖一般不应被扣发，这是基于法律依据、工伤待遇原则、单位规章制度的合法性以及公平合理原则的综合考量。在具体实践中，单位应结合自身实际情况和法律规定，合理确定年终奖的发放方案，确保工伤职工的合法权益得到充分保障。如果您在工伤假期间遇到年终奖被扣除的问题，欢迎随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。