结论前置：工伤期间，公司按实际出勤率扣除工伤期间的年终奖是否合法，需根据具体情况判断。若公司规定或劳动合同中有相关合法有效的条款，则可能允许扣除；若无此规定或规定不合法，则不得随意扣除。
法律背景与规定
工伤期间工资待遇保护：
- 根据《工伤保险条例》第三十三条，职工因工作遭受事故伤害或患职业病需暂停工作接受医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，这包括年终奖作为工资福利的一部分，应由单位按月支付。
- 停工留薪期一般不超过12个月，特殊情况下可延长，但总时长不超过24个月。期满后，按伤残待遇执行。
年终奖的发放与扣除：
- 年终奖的发放通常与公司的规章制度和劳动合同中的约定有关。若公司规定或劳动合同中明确，年终奖的发放与特定考核指标（如个人业绩、出勤情况）挂钩，且这些规定或条款是通过民主程序制定的，不违反国家法律、行政法规及政策规定，并已向劳动者公示，则工伤期间未满足这些条件时，扣除年终奖可能被视为合法。
不同情况下的分析
公司有明确规定且合法：
- 如果公司规章制度或劳动合同中明确规定了年终奖的发放与出勤情况挂钩，且该规定合法有效，那么在工伤期间，由于员工未出勤，公司按照实际出勤率扣除年终奖可能是合法的。
公司无明确规定或规定不合法：
- 如果公司规章制度或劳动合同中没有关于工伤期间年终奖扣除的明确规定，或者该规定违反了国家法律、行政法规及政策规定，那么公司不得随意扣除工伤期间的年终奖。
年终奖与个人工作表现紧密相关：
- 即使年终奖与个人工作表现紧密相关，且公司有明确的考核标准和合法的规章制度支持，但工伤期间的缺勤或无法完成工作任务是由于工作原因导致的，这种情况下扣除年终奖可能缺乏合理性，且可能违反《工伤保险条例》中关于工伤期间工资福利待遇不变的规定。
劳动者的权益保护与建议
审查公司规定与劳动合同：
- 劳动者应首先查看公司的规章制度和劳动合同，确认是否存在关于工伤期间年终奖扣除的条款，以及这些条款的合法性。
与公司协商：
- 如果发现公司存在不合理的扣除行为，劳动者可以尝试与公司进行沟通，依据法律规定提出自己的诉求，要求公司支付被扣除的年终奖。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 若协商无果，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，请求裁决公司支付被扣除的年终奖。对仲裁结果不满的，还可以在法定期限内向人民法院提起诉讼，以维护自身合法权益。
示例说明：假设某公司规章制度中规定，年终奖的发放与员工全年出勤率挂钩，出勤率达到90%以上方可获得全额年终奖。但某员工在工伤停工留薪期内，出勤率显然无法达到这一标准。此时，如果公司规章制度或劳动合同中未明确规定工伤期间出勤率的计算方式或年终奖的发放方式，那么公司直接按实际出勤率扣除年终奖可能缺乏合法性依据。劳动者可以依据《工伤保险条例》的相关规定，与公司进行协商或申请劳动仲裁，要求公司支付被扣除的年终奖。
总结与建议：工伤期间年终奖的扣除问题涉及多个方面，包括公司规章制度、劳动合同、法律法规等。劳动者在面对此类问题时，应充分了解自己的权益，并仔细审查公司规定与劳动合同中的相关条款。如有疑问或发现公司存在不合理行为，应及时与公司协商或寻求法律援助，以维护自身合法权益。如有任何法律问题，都可以直接向我咨询。