针对您在办理退休时发现参加工作时年仅14周岁的情况，我们需要根据相关法律法规来明确处理方式。

首先，根据《国营企业招用工人暂行规定》(国发[1986]77号)文件第六条明确规定，企业招用工人必须年满十六周岁。同时，第十三条也指出，凡违反此规定招收的工人，其招用关系一律无效。这意味着，如果您在未满16周岁时被企业招用，那么这段时间的工作经历在法律上是不被认可的。

进一步地，结合《禁止使用童工规定》的相关内容，我们可以看到国家对于保护未成年人身心健康、促进义务教育制度实施以及维护未成年人合法权益的坚定立场。该规定明确禁止任何单位或个人招用不满16周岁的未成年人，并对此类行为设定了严格的法律责任和处罚措施。

因此，在您办理退休手续时，如果发现参加工作时间早于16周岁，那么按照相关法律法规，您的工作时间应自年满16周岁之日起计算。这意味着，您在16周岁之前的工作经历将不会被计入工龄，从而可能影响您的退休待遇。

针对您提到的档案中有劳动部门签发的劳动合同且当时合法的情况，虽然这份合同在当时可能具有法律效力，但根据现行法律法规，未满16周岁的工作经历仍然是不被认可的。因此，社保局在办理退休手续时减去一年工龄的做法，是基于现行法律法规的合理决定。

综上所述，如果您在办理退休时发现参加工作时间早于16周岁，那么您的工作时间应自年满16周岁之日起计算。建议您与社保局进一步沟通，了解具体的工龄计算方式和退休待遇情况，以便更好地规划您的退休生活。